皇太子马上回信作答：
“承蒙恩师教我四条妙法。我仔细反复地看了几遍，已深深铭记于心。法师您早离尘世之累，悠然游荡于人世之外。您的至理名言，高深无比。您本来就高步凌云，深远如海，所以能那样胸怀博大仁兹，广施爱心，开导迷悟。您所说的道理充实翔尽，涵括古今，网罗内外，我拥护您的高论，决定行慈善之业，减少杀生之罪顺应天道自然，恭敬持守戒律。这是用博爱之心成就大慈之行。我严谨地将您的教诲牢记于心，作为我行事的原则。借重难得之业因，求得皇天的保佑。”
贞观九年，太宗下诏，从三月到五月，禁止杀生。玄琬又向上启奏请求将禁杀期延长，皇帝批准，将期限延长至年尾。
玄琬在贞观十年得病，他知道自己将不久于人世。于是上遗表给皇帝：
“我听说要借助道俗的住持弘扬，朝庭内升的帮助和维护，才能使佛法发扬光大，配合万乘之君，传播万世而不衰。住持的方法很多，弘护佛法的方法也很多。但如不依照佛典而行，就恐慌怕赏罚不当。如果您采用佛经的要求，并验之于实事，那么就会少走弯路，而合于事理。僧尼等不依戒律而行，冒犯章法，您就应该仿佛典而惩处。老朽昏聩，病痛交加，生命将尽而您的隆恩未报。我因此从经中整理而成《佛教后代国王赏罚三宝法》、《安育苍生论》、《三德记》各一卷。真心盼望圣上能亲自御览，以此行事。我有幸加入传未能之例，不敢有隐瞒不施的教理，现将我不高明的见解之言记录于此，来报答圣上的恩德。”
玄琬律师在腊七日卒于延兴寺。律师临去时对门人说：
“我的一生只求有益于众生，死后骸骨依古制而焚，死后丧事的办法，我并不在意。”
律师去后，皇宫内外一片衷肠恸。天子下诏说：
“玄琬律师，戒行贞正而坚定，学业清远而通达。在他正借重于宣法，造福众生之时，不幸辞世，深表哀念。”
太宗、太子和后宫嫔妃，以及众大臣都纷纷献出财宝，帮办法师的后事。到一百天时，萧瑀、萧璟、李伯药、杜正伦等人前去尽哀悼之礼。下葬那天，素幢、白盖交相辉映，香花自天而降。随着送葬的，有几万人。四十里中，一片素白。人们都哭叫着：
“我的恩师离去了，戒持大业谁来保护呢？”
玄琬的五百多弟子，遵玄琬的遗嘱，将其尸体焚化。当时，云高风静，草木幽香。点火烧身，一会儿就灰飞烟灭，弥漫于天地间，后来，为表示纪念，在焚烧之处建了佛塔群。
