当时有关日本赔偿的核心问题是日本国内的实物拆充赔偿，在这一点上，盟国之间意见分歧很大。１９４５年冬，美国赔偿专家鲍莱在经过对中国东北、朝鲜、日本一些地区的考察后，向杜鲁门政府提出了一个方案，主张将日本工业限制在１９２６～１９３０年的水准，而其余工厂尽速拆充赔偿，以“复兴东亚工业，监视日本之再起”。国民党政府则拟定了“日本赔偿设备紧急拆迁项目”，主张日本工业应限制在从事侵略前的水平，拆充赔偿的工厂设备中，中国不应少于５０％。但由于各国争吵不休，至１９４６年底拆充赔偿工作仍无法进行。
从１９４６年９月起，国民党政府多次要求美国单独行动，执行先期赔偿。１９４７年２月１４日，美国向远东委员会提出《日本赔偿先期交付案》，规定拿出拆充赔偿额的３０％，先期分配给中、英、荷、菲四国，其中中国占１５％，英、荷、菲各５％。４月８日，《日本赔偿先期交付案》开始实施。中国共运回三批工厂器材设备，第一批是机床工具类，共７６８６部，重５２０３４吨；第二批是试验设备类，１９６０具，重７３５０吨；第三批是电气设备及剩余设备类，１６３９具，重１９１６６吨。其中电气设备有１．５万千瓦的蒸气发电机一套，４５０千瓦的汽动发电机三套。这三批器材设备从１９４７年４月底开始分别运往青岛、上海和台湾基隆，至１９４９年５月全部运完。
战后初期，美国为了抵御前苏联在亚太地区的扩张，竭力扶持国民党蒋介石政权，一度积极支持国民党政府对日索赔。例如．在１９４７年９月远东委员会分配各国摊赔额时，美国不仅帮助中国取得总额的３０％，而且表示愿意将自己所获的６％也给予中国。然而到了１９４７年底，美国便不再支持国民党政府对日索赔。因为一方面国民党政权在内战中连遭惨败，统治摇摇欲坠，美国对它已不抱太大的希望。另一方面随着美苏对立日益加剧，美国在１９４７年５月通过了援助欧洲的马歇尔计划，企图以此来遏制苏联在欧洲的影响。美国从全球战略出发，开始考虑日本未来在远东的地位和作用，因此对索取日本赔偿问题已经兴趣不大。
１９４８年１月，美国陆军部长洛耶尔明确表示要扶持日本，使之成为“防御今后远东方面的新的共产主义威胁的堡垒”。５月，美国政府放弃鲍莱计划，置远东委员会于不顾，同意了陆军部代表克利福德·斯特耐克的方案，认为日本基本战争能力已被消除，其余工业应予保存，日本工业水准应维持在１９３６年的水平。过去拟拆日本重要工业的３／４，现只拟拆５种工业。１９４９年５月１２日，美国政府片面通知远东委员会会员国，决定停止拆迁作为临时赔偿的日本工厂设备。６月初，盟军总部正式宣布停止日本工厂的拆迁工作。这样一来，国民党政府只获得先期允诺分给中国１５％中的极小部分，约２２００万美元，与最初期望的５０％及１９４７年９月远东委员会分配给中国的摊赔额３０％相距甚远，赔偿已成为一种象征性的行为。
国民党败退台湾后，仍继续向日本索取赔偿，但态度已不十分坚决，并更加唯美国马首是瞻。而此时美国为了建立反共反华的军事防线，已决意重点扶持日本，因而主张各盟国放弃赔偿要求，以与日本缔结和约。１９５１年初，美国加快了缔结对日和约的步伐。这年３月，英国承认了中华人民共和国，并邀请新中国参加对日和约。５～６月间，苏联也两次主张由中华人民共和国和苏、美、英三国共同举行外长会议，讨论对日和约。
１９５１年９月４日，美国在没有中、朝等主要作战国家参加的情况下，在旧金山召开了对日和约会议，同日本吉田茂政府签署了《旧金山和约》。《和约》第１４条甲款规定：“日本政府应对其在战争中所引起的损害和痛苦给盟国以赔偿。”但接着又说：“如欲维持可以生存的经济，则日本的资源目前还不能够全部赔偿这些损害和痛苦，有关国家可以直接和日本举行谈判，日本可以给予必要的劳务赔偿。”这实际上是取消了日本的赔偿，因此引起了许多国家的强烈不满。由于未能参加对日和约，台湾国民党当局也向美国政府提出了抗议，但对《和的》取消赔偿一事却表示默认。《旧金山和的》签订后，美国为孤立、封锁新中国，竭力策动台湾与日本订约。而台湾国民党当局为摆脱困境，便不惜放弃赔偿，讨好日本，以订立和约。１９５２年４月２８日，《台日和的》正式签字。和约共１４条，基本内容与《旧金山条约》大体相同。《台日合约》的签订，标志着台湾国民党当局完全放弃了向日本索取赔偿的要求。就这样，由于美国对日本的大力扶持以及国民党政权自身的软弱无能，抗战胜利后国民党政府的对日索赔以失败而告终。
