2004年5月举行的大选中获胜连任总统，6月30日宣誓就职。曾于1972年、1975年、1992年和2000年访华。
2005年6月5日，菲律宾一家广播公司通过电台播放了一盘据称是阿罗约与一名选举官员在2004年大选期间的电话录音，阿罗约在电话中涉嫌示意选举官员舞弊。
2005年6月28日，阿罗约对全国道歉并为自己的行为负责任。7月8日，一直支持阿罗约的内阁成员发生分裂，10名部长级官员集体辞职并且加入反对阿罗约的阵营，令风雨飘摇中的菲政局更添动荡。
2005年6月29日，何赛·阿罗约再次被称卷入非法赌博，阿罗约宣布丈夫将暂时远居国外，为她的政治生涯作出牺牲。
2010年6月卸任总统。
2010年，卸任总统后改选家乡班巴加省众议员，顺利当选，也成为菲律宾第一位“降级”继续从政的前总统。
2011年8月9日，菲律宾政府禁止因涉及贪污丑闻的前总统阿罗约出境。阿罗约被指在竞选总统期间挪用数亿比索政府资金充当竞选经费。
2012年7月25日菲律宾帕赛市地方法院批准前总统阿罗约缴纳100万比索(约15万人民币)保释。
2012年10月，阿罗约又因被指控涉嫌滥用菲国慈善彩票署资金，遭警方在病房内逮捕，一直被羁押。
2016年6月30日，罗德里戈·杜特尔特就任菲律宾总统，阿罗约夫人的命运出现了转机，因为杜特尔特在竞选期间曾公开表态，如果他当选，会释放阿罗约。2016年7月21日菲律宾前总统阿罗约被从监狱释放，重获自由。
