不过，金大中这一任也并非没有遗憾，作为韩国第一位由在野党领袖当选的总统，金大中是打着“反腐、改革”大旗登上总统宝座的。执政期间，金大中尽管以身作则反腐倡廉，但在强大的传统势力围攻下，金大中政府的高官不断因权钱交易而锒铛入狱。他的两个儿子也因受贿被判刑，为此金大中先后5次向国民公开道歉。民意测验表明，33%的人认为金大中执政期间最大的失误是反腐不力，用人不当。
韩国当选总统卢武铉在2月25日的就职仪式上称，将把“阳光政策”改名为“和平与繁荣政策”，目的是为对朝缓和政策争取更广泛的国民支持。其实质是金大中“阳光政策”的延伸与发展。韩国国民普遍认为，对金大中执政5年中的功过是非，历史将给予其最公正的评价。
卸任后的金大中由于健康日差，已减少公开活动，最后一次公开露面为2009年5月29日出席前总统卢武铉的丧礼。同年7月13日，金大中因肺炎住进新村世博兰斯（Severance：圣弗伦斯）医院的加护病房，症状好转后于22日搬回普通病房。但翌日又因肺梗塞再次转进加护病房，被转移到重患者室，并戴着呼吸机接受治疗。此后病情一直反复，8月9日病情急剧恶化；8月11日总统李明博曾往医院探望。2009年8月18日中午13时43分（北京时间12时43分）在医院病逝，享年85岁。
金大中逝世后，各国及国际组织纷纷表达惋惜之情。沉痛哀悼这个伟大的政治家。朝鲜最高领导人金正日派出五人组、韩国前总统卢武铉的家族、韩国现任总统李明博、中国国家主席胡锦涛代表中国政府和中国人民、美国总统巴拉克.侯赛因.奥巴马二世等人也分别发表了唁电悼函言论称赞金大中的功绩。即将结束在韩国访问的联合国秘书长潘基文亲赴安置金大中遗体的医院进行凭吊。8月23日，韩国前总统金大中的6天国葬礼仪正式结束，其灵柩当日在国家公墓被下葬。
