水稻秧苗期最常见的病害是立枯病、青枯病、苗稻瘟和恶苗病，这几种病害遇到气候反常、温差大，“倒春寒”明显的气候情况和气温偏低的年份最容易发病。
水稻立枯病
水稻立枯病为鞭毛菌亚门的腐霉菌。病菌在土壤中越冬，水稻播种后，病菌开始侵害秧苗，秧苗在缺水的条件下发病最为严重。该病多发生在水稻旱育秧田，是水稻旱育秧田常发性主要病害。其症状是在秧苗二叶期以后，叶尖枯黄萎缩，根毛稀少，初期在苗床上成簇成片发生。4叶期后发病症状为突发性青枯，成簇成片的秧苗叶片纵卷萎蔫，继而枯死。低温、阴雨、光照不足是诱发立枯病的重要条件，其中以低温影响最大。在低温条件下幼苗抗病能力降低，有利于病害发生。如天气持续低温或阴雨后暴晴，土壤水分不足，幼苗生理失调，病害发生加重。
因此，低温阴雨过后要及时检查秧苗的生长情况，如发现有秧苗叶尖不吐水或秧苗有异样时，应立即用25%甲霜灵可湿粉按每平方米0.75克或58%甲霜灵锰锌可湿粉按每平方米1克，兑水2至2.5公斤喷浇于育秧床上进行防治。
水稻青枯病
水稻青枯病有两种，一种是水稻秧田期的生理性青枯病，发生比较常见，常与立枯病混合发生。其症状是水稻地上部分迅速失水而枯死，秧苗枯死时仍呈绿色；另一种是本田后期发生的细菌性基腐病，表现为田间零星发生，甚至1丛中仅有1―2株发病，病株基部茎节发硬、变黑并伴有恶臭味。生理性青枯病多发于水稻3叶期前后。主要是由于低温冷害、冷后暴晴或温差过大，比如在水稻秧田揭膜前没有及时通风炼苗，造成秧苗徒长，揭膜后，秧苗不能适应环境，而造成秧苗体内水分供给失调，继而引起地上部分迅速失水而枯死。
青枯病的防治主要是在苗齐后，进行及时通风炼苗，只要不是大风天气，即使是阴天也要坚持通风炼苗。水育秧田，要在大风降温到来前，通过调节水层保护秧苗。药剂防治可选用15%立枯净，每亩秧田用100克药剂，兑水50公斤―60公斤，在晴天下午三点以后喷施两次，间隔7天一次；或用65%敌克松可湿性粉剂1.5公斤，或多菌灵2公斤兑水60公斤喷雾或浇施。
水稻苗稻瘟
水稻苗稻瘟是水稻秧田期一种常见病，主要是由种子带菌和带病稻草诱发的病害，苗稻瘟在秧苗三叶期以后开始发病。其症状是病苗基部灰黑，上部变褐，蜷缩而死，湿度较大时病部产生大量灰黑色霉层。发病因素在雨、雾、露存在条件下利于发病，气温在20℃―30℃，尤其是在24℃―28℃，阴雨天多，相对湿度保持在90%以上时，容易引起稻瘟病严重发生。
预防苗稻瘟病害一般在秧苗三叶期以后，选用40%硫环唑，每亩150克，兑水50公斤―60公斤预防两次，间隔7天一次。也可用75%三环唑60克―80克或富士1号100毫升兑水60公斤喷雾或浇施。
水稻恶苗病
水稻恶苗病的苗期发病病苗比健苗细高，叶片叶鞘细长，叶色淡黄，根系发育不良，部分病苗在移栽前死亡。在枯死苗上有淡红或白色霉粉状物，发病节间明显伸长，节部常有弯曲露于叶鞘外，下部茎节逆生多数不定须根，分蘖少或不分蘖。剥开叶鞘，茎秆上有暗褐条斑，剖开病茎可见白色蛛丝状菌丝，以后植株逐渐枯死。湿度大时，枯死病株表面长满淡褐色或白色粉霉状物，后期生黑色小点即病菌囊壳。
防治方法是在水稻秧苗1叶―2叶期时，使用青枯立克50毫升+大蒜油15毫升，兑水15公斤喷雾，5天―7天1次，连喷2次，也可喷洒95%绿亨1号（恶霉灵）进行防治，剂量以包装袋上说明为准。
