１８２２年７月２５日，圣马丁来到瓜亚基尔，与南美洲北部的“解放者”、著名的委内瑞拉革命领袖、政治家、军事家、思想家西蒙·玻利瓦尔会谈、会谈的第二天与第三天，是在绝密的情况下进行的，没有任何第三者参与，只有这两位享誉南美的“南北巨子”。因此，会谈内容也只有他们两个知道。可是，会谈结束后，玻利瓦尔未作任何透露，以后也未作任何回忆，而圣马丁也同样缄口不言，所以，这次秘密会谈在历史上留下了一个永远解不开的谜。
但是，举世关注的“南北巨子”会谈是不会就这样无声无息地过去的，人们对会谈内容作了各种猜测。
从会谈前的气氛看，是和谐、愉快的。圣马丁到达港口时，玻利瓦尔的两位助手去迎接，玻利瓦尔在他要居住的宾馆欢迎他。在人民的欢呼声中，两位巨人紧紧地拥抱到了一起。
但是，会谈结束后，圣马丁神情严肃，默默地走出了大厅。玻利瓦尔则带着一种神秘的表情，当通宵舞会在极度欢乐中进行时，圣马丁却悄无声息地与同行的一位将军不辞而别，返回了秘鲁。
返回秘鲁不久，圣马丁在“第一届国会”上，郑重而严肃地宣布辞去国家首脑和军队统帅的职务，决定不再拥有任何权力。并取下了他身上象征权力与最高荣誉的两色绶带，真诚地对议会成员们说：
而今桂冠布满了整个南美洲战场，我的头颅却要躲避最后胜利的桂冠！我的心灵从来没有被甜蜜的感情激动过，然而今天却激动了我的心！对一个为人民的自由、民主、幸福而战的斗士来说，胜利的喜悦只能使他更加诚心诚意地成为使人民享有权利的工具……我异常高兴地见到了国会的成立，在这届国会上，我辞去我所拥有的一切最高权力！我今天讲话的目的只有一个，那就是，请所有议员先生都不要投我继续执政的选票！”
所有在场的人都非常吃惊，纷纷劝说圣马丁收回辞呈。但圣马丁意志坚决，从各个方面解释了他辞职的原因。不过，人们隐约感到，最主要的原因仍然是瓜亚基尔会议，可是，关于这点，圣马丁只字未提。
夜幕笼罩了大地，一切是这样的寂静。也许，圣马丁的心里也知夜晚这样宁静、安祥？因为他这个时候正骑在马上，静静地注视着万籁俱寂的夜色。
圣马丁骑马悄然无声地离开了利马市，又悄悄地坐船来到智利，随后离开了曾为之奋斗不懈、并付出满腔热爱的祖国。远赴欧洲，去迎接他穷困潦倒的晚年！
一个曾为国人无限敬仰的领袖，何以会作出如此选择呢？人们又把目光聚集到了瓜亚基尔会谈上。
一种说法是：在与玻利瓦尔会谈时，双方在根本问题上产生了争执，玻利瓦尔当时３９岁，血气方刚，可能对圣马丁态度强硬，寸步不让。而圣马丁当年４４岁，由于３２年的戎马生涯，身体严重受损，所以自动让出统帅之位，让玻利瓦尔独自率军扫清殖民残余势力。
另一种说法更为世人所公认：“当时圣马丁与玻利瓦尔的部队面临与殖民军的“过渡港之战”的前夕，圣马丁所率部队有许多病员，又因其他原因，使阿根廷、智利政府不能全力支持他，而他迫切希望增援，所以，便在瓜亚基尔与玻利瓦尔会谈，希望得到玻利瓦尔的帮助。如果玻利瓦尔在另一线牵制殖民军，就有可能取得胜利，否则，圣马丁以少攻多，势必会出现敌我双方的对峙，这样的话，就会延缓拉美独立的进程。结果，经过与玻利瓦尔密谈，他明白了两人之间的分歧，那就是：一山不容二虎。为了南美的未来，为了人民的利益，他痛苦地选择了放弃权力的做法，而不是等待将来与玻利瓦尔兵戎相见。
或许，后世历史学家看得更清，托马斯·基朵在他所著的《圣马丁与伟大的史诗》中写道：“玻利瓦尔对圣马丁在解放秘鲁战争中所取得的胜利是不高兴的。为了争夺最后胜利和南美洲的最高权力，玻利瓦尔就会以大胆的手段，带领他的部队与圣马丁的军队争斗。两支革命军火并，圣马丁认为是‘留在世界上的一件十分丢脸的丑行恶名！’所以他作出了痛苦的抉择！”
圣马丁也曾说过：“我并不寻求荣誉”，“我的剑绝不为争权夺利而出鞘！”只要秘鲁和整个拉丁美洲真正独立，我“将远远地离开这里”。
圣马丁把自己毕生为之奋斗而取得的，也是南美洲最辉煌的胜利果实与最高权力、荣誉主动拱手让与了他的革命伙伴同时又是对手的玻利瓦尔。所以他受到了全世界许许多多人的赞扬，称他为“一个在历史上几乎无双的灵魂”！
