11月13日，黄焕章、顾英等人率兵进攻都督府，朱家宝仓皇出逃，省政权出现更迭。继而在半月之内，先后有黄焕章、李烈钧、黎宗岳等人任总司令或总督，至12月2日临时参议会选举孙毓筠为都督，才逐渐稳定。
在皖北，11月4日，淮上革命军张汇滔等人占领寿州城，后相继光复了皖北大部地区，如凤阳、蚌埠等地。11月9日合肥、芜湖宣布独立，并分别成立了军政府。11月25、26日徽州等地光复，至此，安徽全省除亳州外，均告光复。
早已准备完毕的倪嗣冲也在河南周口起兵，于12月10日攻占太和。次日又偷袭颍州城，15日攻破颍州，淮上军冲出了重围，退至颍上，双方开始了短暂的对峙。
1月26日，张汇滔组织北伐联军进攻颍州，双方展开激战，但双方虽激战不止，但由于势均力敌，双方呈现出胶着状态。皖北战事引起了较大的关注，南北议和代表伍廷芳与唐绍仪于2月七日达成了停战协定，颍州归倪嗣冲管辖，颍上归革命军驻扎，双方开始对峙，直至二次革命的爆发。
1912年4月，孙毓筠宣告辞职，被袁世凯批准，革命党人柏文蔚至安庆接任，7月1日宣誓就职。至此，革命党人控制了安徽政权。
但倪嗣冲等人并不甘心，他们在等待时机，准备一举夺取安徽政权。倪嗣冲在占领阜阳后，大肆招兵买马，扩充军队，将所部扩充到了40营之多，成为了北洋系的一支地方重要力量。
1913年4月袁世凯与五国银行团达成善后大借款，引起国民党的反对，同时宋教仁领导国民党成功赢得第一次大选，袁世凯为稳固统治，派人暗杀了宋教仁。随后黎元洪率军入湖北，监视江西和安徽，孙中山开始号召国民党反抗，‘二次革命’爆发了。
1913年7月，安徽革命党人响应号召，在安徽发动“二次革命”，都督柏文蔚组织讨袁军，准备北上。袁世凯随机下令倪嗣冲率部抄袭柏文蔚讨袁军后路，并攻占了正阳关、寿县、六安等地，进逼安庆、芜湖。在柏文蔚遭遇叛变时，倪嗣冲乘机占领了安庆、芜湖等地，并在7月27日被袁世凯任命为安徽都督，安徽政权在此更迭，从革命党人的手中转移到以袁世凯为代表的北洋系军阀之中。
