开庭前的座次之争
1946年5月初：中、美、英、苏、澳、加、法、荷、新、印度、菲各国的法官、检察官、律师聚集东京，召开开庭前的预备会议，讨论法官座次安排问题。
法庭庭长是由盟军最高统帅麦克阿瑟指定的澳大利亚法官韦伯爵士，他想让两位与他亲近的英美法官坐在左右，于是便提议法官席次应按联合国安理会惯例来安排，即以美、英、苏、中、法为序。梅汝璈明白，座次表示着该法官所属国在审判中的地位，为了国家的尊严和荣誉，应该当仁不让。他主张法官的座次按受降国签字的顺序排列，这样美国和中国便分处第一、二位，分别位于庭长韦伯的两侧。对于梅汝璈的提议，西方国家的代表不以为然。预演时，梅汝璈愤怒地说：“我拒绝接受这种不合理的安排。在日本的侵略战争中，中国受侵略最深，抗战最久，牺牲最大，而英国却只是一味地忍受和投降，中国绝不能接受排在英国之后，我认为中国政府也不会同意被安排在英国之后！”随即他脱下象征着权力的黑色丝质法袍，以退出预演相抗议。最终，法庭接受了梅汝璈的意见。
法庭内外的较量
盟军总部国际检察处选定了东条英机等28名甲级战犯，作为审判对象。但日本天皇裕仁的名字没有在战犯名单里。美国政府以《波茨坦公告》允许日本在战后保留天皇制度为由宣布不起诉天皇裕仁。梅汝璈主张审判裕仁，他在与其他法官交流时提出，保留天皇制度与起诉裕仁并不矛盾，可以由新天皇即位，同时起诉裕仁。梅汝璈的主张得到了其他一些法官的支持，只是后来由于麦克阿瑟的庇护，日本天皇才侥幸逃脱了法律的审判。
在起草判决书时，梅汝璈认为在日本的侵华战争中，中国人受害最深，最具发言权，日本侵华罪行这部分应由中国人书写。面对堆积如山的证据和材料，梅汝璈和他的助手竭尽全力，向法庭提交了200多页、长达十余万字的判决书章节。事后梅汝璈回忆说：“那些日子，我们就像钻进成千上万件证据和国际法典的虫子，每天在里面爬来爬去，生怕遗漏了重要的东西。
在法庭判决阶段，由于各国法律体系以及法官对法律的理解不同，所以在给被告定罪的问题上存在着严重分歧。面对这种局面，梅汝璈忧心如焚，夜不能寐。他查阅了卷帙浩繁的资料，向法庭提供了有力的证据。例如日军在南京大屠杀中曾采用砍头、挖心、水溺、火烧、砍去四肢、割下生殖器等令人发指的暴行，他主张对首恶必须处以极刑。在梅汝璈的不断交涉、周旋下，许多法官认同了他的观点，最后通过投票，决定判处土肥原贤二、松井石根、板垣征四郎等对中国犯下了滔天罪行的7名战争罪犯死刑。
东京审判结束后，梅汝璈被南京政府任命为行政院政务委员兼司法部长，但他对国民党政府已失去信心，于是托词滞留日本。1949年年底，梅汝璈返回北京，担任了政务院外交部顾问。但是新中国的学科建设基本上沿袭了苏联模式，执着于英美法学的梅汝璈逐渐淡出了人们的视野，他在一份检查里酸楚地写道：“我实际上只是一本破烂过时的小字典而已。”
1962年，梅汝璈开始撰写《远东国际军事法庭》，他想将东京大审判这场正义与邪恶的较量如实留给后人。
