1992年，拉萨市墨竹工卡等县发生强烈地震，孔繁森在羊日岗乡的地震废墟上，还领养了3名藏族孤儿——12岁的曲尼、7岁的曲印和5岁的贡桑。收养孤儿后，孔繁森生活更加拮据，为此他曾3次以“洛珠”的名义献血900毫升，900毫升的鲜血蕴含着孔繁森对藏族孤儿深深的爱。
1992年底，孔繁森第二次调藏工作期满，西藏自治区党委决定任命他为阿里地委书记，这一任命意味着孔繁森将继续留在西藏工作。面对人生之路又一次重大选择，他毫不犹豫地服从了党的决定、人民的需要。
阿里地处西藏西北部，平均海拔4500米，被称为“世界屋脊的屋脊”。这里地广人稀，常年气温在零摄氏度以下，最低温度达零下40多摄氏度，每年7级至8级大风占140天以上，恶劣的自然环境、艰苦的生活条件使许多人望而却步。
可是，1993年春天，年近50岁的孔繁森赴任阿里地委书记后，在不到两年的时间里，全地区106个乡他跑遍了98个，行程达8万多公里，茫茫雪域高原到处都留下了他深深的足迹。
在孔繁森的勤奋工作下，阿里经济有了较快的发展。1994年，全地区国民生产总值超过1.8亿元，比上年增长37.5%；国民收入超过1.1亿元，比上年增长6.7%。他为了制定把阿里地区的经济带上新台阶的规划，准备在最有潜力的边贸、旅游等方面下工夫。为此，他曾率领相关单位，亲自去新疆西南部的塔城进行边境贸易考察。
1994年11月29日，优秀共产党员孔繁森完成任务返回阿里途中，不幸发生车祸，以身殉职，时年50岁。
1995年4月24日，优秀共产党员孔繁森被追认为全国先进工作者。按规定国家副局级以上干部不参加全国先进工作者评选，但全国劳模和先进生产者表彰大会筹委会认为孔繁森两次赴藏，历时十载，同藏族人民建立了深厚的感情，为西藏的建设、发展和稳定做出了突出的贡献。经报请国务院批准，孔繁森被追认为全国先进工作者。
