李大钊曾参与了苏俄和吴佩孚直系军阀的秘密谈判，一度使吴转向左倾，但是李大钊最成功的秘密活动是转化冯玉祥支持南方国民政府。冯玉祥和李大钊在辛亥革命期间就曾经合作过，秘密策划反清起义，结下很深友情。苏俄对北方军阀中的冯玉祥部一直抱有期待，主要是因为李大钊的工作。1924年，在直奉军阀大战中，冯在南方国民党和苏俄暗中支持下，突然发动北京政变，掌握了政局，但由于自己力薄势单，请了段祺瑞来临时执政。不过冯还是坚持促成了孙中山北上。当时，苏俄对中国建立红色政权抱有很大期望，并在军事援助上大量投入。苏俄最早授勋的五个元帅，两个相继被派往中国，一个是布留赫尔，即著名的加伦将军，后来北伐战争基本由此人指挥，另一个是叶戈罗夫，以元帅军衔任驻华武官，负责中国北方军事。从1924年起，苏俄军事援助就不断支持冯玉祥，派去军事顾问团，当时***就是以邓希贤的名字被直接从苏联派到冯的部队。而李大钊则是冯和苏俄的最重要的联系人。冯的赤化倾向，引起了北方军阀的一致反对。1926年初，张作霖的奉系和吴佩孚的直系联合起来，驱逐了冯的军队，双方进行大战，而同时国民党也开始北伐，全国进入全面混战。
1926年4月，张的奉系部队控制北京，成立安国政府，作为与冯玉祥部队和南方国民党政府的重要联系人，以及中国共产党的北方负责人、苏俄共产国际的代理人，李大钊当然是被抓捕的重要对象。李大钊带领全家立刻躲到了东交民巷苏联大使馆内原俄国兵营院内。根据《辛丑条约》，使馆区中国军警不准入内，享有治外法权。以前，康有为、梁启超和后来搞复辟的张勋等，都到那里避过难，从没发生过问题。而这次，李大钊实际是把国民党和共产党在北京的机关一起搬到了苏联使馆，这在国际法上不很占理。这种现象首先引起其他国家驻华使馆的不满和怀疑，日本使馆和法国使馆人员相继发现苏俄使馆军营中国人来往频繁，夜间也经常大声争论，举行会议。他们秘密报告了张作霖的安国政府，很快京师警察厅就派来密探，装作三轮车夫等监视侦查，并跟踪相关人员，不久逮捕了重要嫌疑人李渤海。李渤海是李大钊在北大的学生，1923年入党，任过中共北京市委的宣传部长等职务，李大钊躲进苏联使馆后，他直接负责李大钊和外面的交通联系工作。李渤海在被捕后非常合作，将苏俄军营内部情况全部招供，换来秘密释放。当时南北处于战争状态，李大钊的秘密机关从事大量军事情报工作，并且藏匿了一些军火，而且苏联很深地卷入中国内战，这对北方政权威胁极大。张作霖函商外国领事团，因为苏俄革命后自行废除不平等条约，所以领事团认为苏联使馆不受《辛丑条约》保护，默许张的军警入内缉捕暴乱人员。
