刑部在莽古尔泰王府搜出木牌印十六面，上面刻着：“金国皇帝之印”，认定为谋反的重要证据。主要案犯莽古济、琐诺木，屯布禄、爱巴礼也全都供认不讳，“谋危社稷”、“逆迹彰著”等罪名成立。
行刑前，皇太极派人前往福陵，向努尔哈赤灵位报告此事，又到九门附近的“先汗宫”向先汗的两位遗妃报告。
最后的结果是，皇太极将自己的姐姐莽古济公主凌迟处决，莽古尔泰长子额必伦处死，其余五子黜为庶人，给其他王爷为奴使唤。屯布禄、爱巴礼两人及其所有亲支兄弟、子侄全部被凌迟。一连多日，盛京刑场惨叫声不断，闻者心惊肉跳。
额驸琐诺木，因为事先向皇太极暗示，等于告发，所以免罪恩养。
冷僧机因举报有功，将屯布禄、爱巴礼两家全部家产给了他作为奖励。并给予他三等甲喇章京的世职，世袭罔替。又给予他免去各种贡赋的特权。
同时，正蓝旗建制被取消，属员被分别编入正、镶两黄旗，“八旗”一时成了“七旗”。但时隔不久，皇太极又将正蓝旗恢复，只不过恢复后的正蓝旗已今非昔比。
崇德元年正月，工部平毁了莽古尔泰与德格类的坟墓，“将已寒之骸骨，复行抛弃”，墓内所有随葬金、银器物统统收缴入库。皇太极闻知后，命令工部将其墓按原样修复。
史料记载，此案共处决涉案人员一千余人。
