万历年间，军队的贪腐也够触目惊心的。其一，将官上下联手冒领军饷，具有集体作案的趋势，吃空额是最常用的手段。在任职九年间，庄浪参将杨定国与下属把总串通一气，每年冒支军粮约二千石。其二，大小军官全都卷入贪贿的狂潮。不仅大将接受偏裨的赃赂，文职也收纳武人的贿送。大鱼吃小鱼，小鱼吃虾米，低级军官则向士兵勒索，千户李鸾、胡志就因受贿而处罚。到崇祯朝，虚冒空额变本加厉，不仅将领，勋戚、宦官与豪强也都加入进来，狼狈勾结，“以苍头冒选锋壮丁，月支厚饷”。崇祯末年，京营名簿登录士兵达十一万多，但有人估计，其中“半死者，余冒伍”。明亡前一年，南京营兵号称十万有余，实际“不过三万”，空额超过七成，“而饷不减”，都装入了将领的腰包。这样贪腐的军队，在起义军与满清军的凌厉攻势下，自然兵败如山倒，明亡的命运早就铸定。
不仅内阁、御史与文官、武将热衷贪赃收贿，诸王宗室也深谙此道。嘉靖时，交城、怀仁、襄城三郡王近支绝后，按例不应续封，但三邸之人为保住封地与爵禄，也千方百计乘间行贿，“所籍记贿十余万”。万历间，有人告发楚王华奎行贿请封异姓子，首辅沈一贯有意庇护，不予勘问。朝臣郭正域主张：事关宗室，台谏当言。万历帝同意查勘。楚王惶恐，贿送百金给郭正域，让他不要死缠烂打，表示事成之后“当酬万金”。
唐宋以后，科举考试向来是王朝选拔后备官员的关键程序，晚明的贪贿也令其公正性荡然无存。仅万历四十年(1612)，以贿买考中进士的就有刘琛、朱良材等多人，所出价格“或三千金，或五百金”，买通的对象或为房考行人，或是司经。
内阁公卿与巨阉贵戚剧贪聚敛于上，胥吏衙役与门客豪仆则自辟财路于下。嘉靖朝，掌锦衣卫陆炳专用豪恶之吏，“富人有小过，辄收捕没其家，积赀数百万”，而爪牙胥吏也分肥其间。严嵩父子广受贿赂，其家仆严年与幕客不仅为之居间牵线，自己也大捞一把。严年尤为桀黠，行贿者给他取了个“鹤山先生”的外号。鹤山原是南宋学者魏了翁的号，隐喻任何打不通的关节到他那里都能搞掂，即所谓能“了”之“翁”。严嵩生日时，严年“辄献万金为寿”，出手阔绰如此，足见其私囊受贿之多。
万历朝，张居正的家客游七也收受殷正茂贿送的金珠、翡翠、象牙等珍宝。至崇祯时，贪污受贿已成胥吏财富的最大来源，史称“吏书借为生涯，差役因之营活”。他们雁过拔毛，无所不用其极，“任其影射，重累百姓，一遇赦除，则百姓不沾，奸胥饱腹”，即便审计部门将其劾罚，主管上司将其降谪，仍不能让他们有所收敛。上行下效，无孔不入，从来是体制性贪腐的必然结果。
综观晚明官场，行贿者买官，收赃者卖官，已成公开的秘密。嘉靖朝，刑部主事项治元行贿一万三千金转任吏部美差，举人潘鸿业花两千二百金买了个知州做。正如御史邹应龙所诘问：“司属郡吏赂以千万，则大而公卿方岳，又安知纪极!”吏部掌管官吏任命，当然是受贿最便而得利最厚的肥缺。据《万历野获编》，万历时，先入吏部为官者在“称病”离职时，必推荐一人自代，按例可得五六百金的酬谢。据赵南星亲见，每次退朝，三五成群的官员就像人墙那样，围追堵截住吏部主事者讲升迁，讲调动，讲起用，讲任所，他或是唯唯，或是诺诺;一堵又一堵人墙，令其唇焦舌燥不得脱身;回到吏部衙门，或是私人书信，或是三五联名的公书，填户盈几，应接不暇。在求情通函的背后，就是权钱交易。崇祯朝，尽人皆知“吏部考选行私”，吏部尚书田唯嘉贿收周汝弼八千金，便报以延绥巡抚之职。乃至崇祯帝要亲策诸臣，决定任命。沈迅、张若麒经亲策入选刑部主事，两人懊恼得此冷官，结交兵部尚书杨嗣昌，才改任兵部，足见兵部的买卖也不赖。
崇祯即位后，官员如欲升迁求缺，全靠贿赂;卖官买官，几如市场购物：“一督抚也，非五六千金不得;道府之美缺，非二三千金不得;以至州县并佐贰之求缺，各有定价。”县令欲谋部职，须向礼部送贿二千，兵部也要一千;连胥吏的优差，也“俱以贿成”。既成市场，便有追加赃银与送贿打折的情况：一个监司官以五千金求任边地巡抚，惟恐不到位，追加二千，“卒得之”;某个六部郎官谋求外放浙海道，索价五千金，他只给三千，竟也得一郡守之职。明码标价，讨价还价，贪贿之风已席卷整个官场。
反观晚明，不仅升迁求缺等环节，风行买官卖官，其他如朝觐、到任、考绩、访缉、谢荐等场合，也都靠钱财打点，贿赂开道。
嘉靖朝，据户科给事中杨允绳说，总督巡抚到任，照例遍贿权要，名为“谢礼”;有所奏请，仍须捎上贿赂，名为“候礼”;至于任满谋求升迁，畏难指望调动，犯罪打算遮掩，失责希图庇护，更是“输贿载道，为数不赀”。这样，督抚受贿于下官，下官索取于小民;而不肖胥吏又干没其间，指一敛十，小民百姓“孑遗待尽”，就只能“挺而为盗”。
隆庆时，官员朝觐，公然“进献羡余”，还一度“限为定制”，堂而皇之让行贿合法化，布政司三百两，按察司二百两。到万历朝，连皇帝也承认，派往各地的抚按官虽受朝廷重托，却“岁时庆贺之仪，不胜奔走，廪饩常供之外，复多馈遗。司道官又借视听于窝访，取私费于官库。以致贪官污吏，有恃无恐。收征则增加火耗，更添劝借名色。听断则无端株连，惟求赃罚充盈”。凭藉疯狂的受贿，有的上任仅四月，就受贿“扛至三十九抬”，还有的“旬日而积羡过一千”，转眼造成暴富。
崇祯即位，晚明官场进入了贪腐总动员，把接受请托叫做“开市”。明亡前一年，一个小小的锦衣卫签书为其乡戚寄进的羡余竟高达八千金，官场上下贪赃送贿的程度不难推想。贪污行贿的手段也花样出新。上司勒索，不是说“无碍官银”，就是说“未完抵赎”;过境打秋风，名为“书仪”，少则十金以下，多则十金以上，还只是常例;欲结心知，“岁送不知几许”。官员获巡按推荐，关系仕途甚大，受荐者按例应致送每个荐主百金，给列名推荐者五十金，“近且浮于例”，行情水涨船高。州县官每次考绩朝觐，“或费至三四千金”。外官赴京办事，潜规则名目繁多，连正常公务，也必须行贿。部队到京城领饷，“凡发万金，例扣三千”，以致有“长安有饷不出京”的谣谚。
官场免不了交际往还，据《玉堂荟记》，地方官派人入京疏通人脉，从内阁到六部，起初送礼“至厚不过肆十金”，京官受纳后还回馈二匹或四匹帛，打的都是“交际”的幌子。明代官场还有一种惯例，外任官回京前，必以官俸刻印一书，以一书一帕馈赠朝官。以书帕为馈送，总算是雅事。但在体制性贪腐下，书帕逐渐变味，据顾炎武说，“书帕自万历以后，改用白金”，一书一帕以外还须附加银两。先是“书帕少者仅三四金”。其后，尽管三令五申“严禁交际”，旨在防贪，其实禁不胜禁，“津要之地，日益加多，秘诡万端，乃所谓贿赂非交际也”。书帕竟成“雅贿”的遮羞布，数量也增至三四十两，有所谓科(给事中)三道(御史)四之说。一边是冠冕堂皇地“严旨屡申”，一边却是贪赃送贿的不断加码。据《枣林杂俎》，崇祯末，官员致送贿赂，已动辄成百上千两，“都门严逻”，“苦于赉重”，检查尽管严厉，行贿收赃却“径窦愈广”。先以高价值的黄金淘汰白银，取其易于挟带，在馈送书帕的名刺上写明“经稿几册”，实即“黄金几两”的隐语，把雅贿发挥到极致。其后，黄金“犹嫌其重，而易以圆白而光明者”，即“以美珠代精金，其挟持尤易，而人不觉”。京城盛传“白变黄，黄变白”的谣谚，价昂物小的黄金、美珠、人参、异币，特受贪官污吏的青睐。
崇祯三年(1630)，兵部尚书梁廷栋算了两笔账：“朝觐、考满、行取、推升，少者费五六千金。合海内计之，国家选一番守令，天下加派数百万。巡按查盘、访缉、馈遗、谢荐，多者至二三万金，合天下计之，国家遣一番巡方，天下加派百余万。”这还仅仅是选任守令与巡按出访两项，整个官场类似环节不知凡几，贪贿总数就是天文数字。在他看来，贪风不除，即便不派“辽饷”，老百姓仍会“愁苦自若”。明末体制性贪腐转嫁给百姓的负担，远比辽饷之类的三大饷还要严重。
即位之初，崇祯帝还以“文官不爱钱”诫勉朝臣，给事中韩一良列数官场送贿常例，直白地指出：而今何处不是用钱之地，何官不是爱钱之人。原来以钱换官的，怎能不以钱偿还?都说县官是行贿之首，给事是纳贿之最。言官都归咎守令不廉洁，但守令怎么廉洁?上司要索取，过客打秋风，推荐、朝觐都靠钱铺路。这些钱不从天降，非自地出，想要清廉，有可能吗?据韩一良说，他还算交际寡少的，两个月来就拒收“书仪”五百余金，其他贪得无厌的科道官，受贿数可想而知。他的结论：“今日之势，欲求人之独为君子，已不可能!”
明亡前一年，刘宗周以县令为例，也做过一番分析：“上官之诛求，自府而道，自道而司，自司而抚而按，而过客，而乡绅，而在京之权要，递而进焉，肆应不给。而至于营升、谢荐，用诸巡方御史者尤甚。”一个小小的县令，必须满足层层叠叠各级上司的贪心欲壑，还必须向左右其仕途的巡方御史送礼行贿。只要他还在这个体制内，只有一条路可走，那就是把向上行贿的巨大成本转嫁给县内的老百姓。这样，“一番差遣，一番敲吸，欲求民生之不穷且盗以死可得乎?”
至此，可以对这种体制性贪腐做一个概括：整个社会创造的财富，已经失去了相对合理的分配机制，而是最大限度地流入了掌控从中央政权到地方权力的各级官员与胥吏们的私囊。这些官员与胥吏，作为统治阶级的主体，理应负有保护国家利益与社会财富的职责，但体制性贪腐却遵循着按官等分红利的潜规则，把他们中最大多数成员拖入了腐败的磁力场，成为大大小小的实际受益者，欲为君子而已无可能。与此同时，体制性贪腐逼使卷入其中的每个官员在向上送贿与向下贪赃的两极之间恶性循环，饮鸩止渴而欲壑难填。这种恶性循环的必然结果，就是把不断扩大的送贿负担转嫁给处于社会最底层的弱势群体，从而使整个社会的基本秩序彻底崩溃，把广大民众逼上“穷且盗以死”的绝境。这种体制性贪腐的必然结果，最终把明王朝送上不归路。
有意思的是，李自成农民军攻下北京，勒令朝中达官贵戚“输银助饷”，规定内阁大臣十万两，京卿与锦衣七万或五万，给事中、御史、吏部与翰林五万到一万不等，各部属吏数千，勋戚无定数。这种级差标准与晚明官场贪污受贿的数额等级倒是相当匹配的。
吴晗说过：“一部二十四史充满了贪污的故事。”《明史》作为二十四史殿尾，其晚明的故事足可令后来者警省。
