在软禁中度过余生
伊宁暴动是由苏联直接推动的，但它的发生与盛世才政权对新疆各族人民的政治迫害和经济盘剥密切相关，所以，在“临时政府”内部，除了以吐烈为首的分裂分子外，也有阿合买提江、阿巴索夫等真正的革命者。1945年8月日本投降后，为避免蒋介石完全倒向美国，苏联领导人斯大林多次表示，愿意帮助国民政府“继续保持其在新疆的主权和领土完整”。为粉碎吐烈分裂祖国的阴谋，阿合买提江、阿巴索夫等也同意与国民党政府和平解决新疆问题，双方于10月在迪化开始和谈。
在苏联撮合下，1946年6月，双方签署《和平条款》，取消“东突厥斯坦共和国”，成立新疆省民主联合政府，新政府将吸收大量苏联推荐的政治人物。其间，吐烈多次召开“临时政府”委员会会议，并授予自己元帅军衔，宣布成立以他为主席的军事委员会;1945年12月15日，他宣布将“临时政府”改名为“东突厥斯坦共和国政府”;在《和平条款》即将签署时，吐烈试图动用卫队消灭革命力量。
为防节外生枝，苏联方面决定将吐烈秘密清除。据苏联内务部上校伊万·伊万诺夫回忆，1946年7月12日晚，接到苏方邀请的吐烈携副官和秘书来到“二号房子”，大门打开后，苏联特工将吐烈领了进去。过了很长时间，一名苏联特工出来告诉吐烈的随从，“你们的主人还有其他事情要做，你们先回去吧”。此后，再没有人见到过吐烈。其实，苏联特工将吐烈看押了起来，经过一段时间的观察，将他押往哈萨克斯坦，之后软禁在乌兹别克斯坦塔什干的一幢别墅里。
起初，苏联政府不允许吐烈同任何人见面，不过这项规定后来慢慢有所松动，一些“东突”分子和吐烈的追随者被允许前来看望他。被软禁期间，吐烈主要靠写回忆录打发时间，其内容大部分涉及新疆，后来苏联社科院为其结集出版了一本名为《“突厥斯坦”的悲剧》的书。1976年，吐烈病死在塔什干。
