操纵这一切的是一个叫则丁·玉素甫的人。上个世纪八十年代末，则丁·玉素甫师从喀什叶城县阿不力克木·买和苏木学经，回到巴仁乡后，组建了“东突厥斯坦伊斯兰党”，声称要进行圣战，并准备进行武装暴乱推翻政府。则丁·玉素甫用强行征来的钱，先后购买、制造长刀、手榴弹、炸药包，购买了4匹马和一辆摩托车。
这些异常现象引起了阿克陶政府部门的注意。县公安局派出民警前往巴仁乡进行调查。当发现公安机关开始调查时，则丁·玉素甫决定提前暴动。 4月4日下午，30多人到巴仁乡派出所的艾里木·乌拉木家挑衅闹事，切克村也聚集了200多人。当天下午6时30分，聚事者开始围攻乡政府。
晚上9点，喀什武警支队赶来解围，但在乡政府门外的十字路口遭到袭击，两辆汽车的挡风玻璃被歹徒用石头砸碎，司机受伤，车上的13名武警也被石头砸伤。随后赶来的喀什武警6中队再次遭到围攻和毒打，吴勇、田崇峰两名武警战士被杀害，汽车被推倒在桥下，3支冲锋枪、1支手枪、400发子弹被抢走。
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事态在进一步恶化，阿克陶县边防大队副教导员徐新建，带领战士王景平、郭学文、卢建辉乘北京212型八座小车前往巴仁乡执行联络任务，途经大桥时遭歹徒拦截，4名武警战士被拉下汽车，用砍刀、长刀活活杀死，抢走4支手枪。
4月5日零时，暴徒们用抢顶着被他们抓去的5名公安干警，用抢去的对讲机喊话，要双方交换被抓的人。声称：如果不答应条件，就将干警杀害，攻进乡政府。 因为无法对事件的性质做出判断，尤其怕伤及信教的民族群众，所有现场武警都执行着不开抢的命令，尽管已经有多名武警战士被打死，五名干警被抓做人质。暴徒们的要求没有得到满足，便向乡政府大院投掷了10余枚手榴弹和炸药包，乡政府大院的围墙被炸开3个豁口。现场的武警战士只能对空鸣枪，以示警告。4时10分，新疆自治区党委接到中央批示，确定事件性质为武装暴乱。武警和公安人员开始还击，则丁·玉素甫被击毙。这天下午，巴仁乡唯一的一部手摇电话机，向南疆军区发出报告：战斗结束，暴乱分子向边境方向逃窜，要求部队追捕。
“巴仁乡暴乱” 是新疆解放40年来最为严重的一场武装暴乱，是进入90年代后发生在新疆的第一起恐怖事件。它是一个信号，也是一个开始。此后，大规模的暴力恐怖活动在新疆相继发生。
