6月18日，新疆分局为及时贯彻中共中央指示，向各级党委发出了紧急指示，要求立即停止北疆牧区镇反工作，凡尚未逮捕人的地区，除现行反革命分子外，应停止逮捕;对已捕之人，一律暂不处理;对已捕入中，拟没收其畜牧财产者，一律不动，并停止在群众中进行没收其畜牧财产的宣传，继续牧区镇反工作的党委，在接到这一指示后，立即召开干部会议迅速传达，坚决执行。北疆牧区镇反工作遂即停止进行。
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6月28日，中共中央为了解决新疆分局在牧区工作中的错误问题，由中共中央主持在北京召开了中共中央新疆分局常委会议。中共中央西北局第二书记习仲勋、中央民族事务委员会副主任刘格平等参加了这次会议。习仲勋在会上说，以王震同志为首的新疆分局犯的错误，特别是王震同志犯的错误，违反慎重稳进的方针，用向西北局斗争的方法，强迫西北局就范。粗暴、强词夺理，企图把中央和西北局分开，说中央正确，西北局右倾，发展到无法无天，无中央之天、党纪之法。又说，王震在牧区工作上所犯的严重错误，是其一系列错误发展的总暴露。新疆有严重的民族问题而没有民族工作，有严重的宗教问题而没有宗教工作。其他人的发言，也都严厉批评了新疆分局和王震的错误。
会议由刘少奇主持并作总结。他批评了王震为首的新疆分局在牧区改革工作上所犯的错误，说“把农业区的经验机械地搬到牧区是错误的”;还对新疆的土地改革、宗教工作指出应当注意的一些问题，强调在新疆实行民主改革，应当采取慎重稳进的方针。
这次会议上宣布，中央决定改组中共中央新疆分局委员会，免去王震中共中央新疆分局第一书记、新疆军区政治委员和新疆省财委主任职务，仍为分局常委、军区副司令员代理司令员和省财委副主任。王恩茂任中共中央新疆分局第一书记兼新疆军区政治委员、新疆财委主任;徐立清任第二书记，张邦英任第三书记，赛福鼎·艾则孜任第四书记。常委由4位书记和包尔汉、王震、高锦纯、饶正锡等组成。毛泽东在会上说，新疆工作的成绩是百分之九十，错误是百分之十，错误性质是严重的，要纠正。对王震的批评只传达到县团一级。批评王震的错误不要伤害各级干部的积极性。
王震在会议上表示接受中央的决定。他说，我以忠诚老实和坚毅性做人民的长工。对所有批评都采取欢迎态度，有则改之，无则加勉;重了的、过分了的，引以为戒;对自己严，对人宽。当时，他对有些同志的批评是难以接受的，如说“新疆有严重的民族问题而没有民族工作，有严重的宗教问题而没有宗教工作”等等，但也无可奈何。会后，王震曾和秘书前往颐和园昆明湖散心。在过去，无论到什么地方开会，王震从不游山逛景，这也反映了他当时的郁闷心情。
这次来到北京，王震先在中央政治局会议之前曾见过毛泽东。王震后来回忆说：“我到新疆就是为新疆人民办好事。我挨了批评以后到北京去见毛主席，毛主席批评我时，说了十个指头和一个指头的关系问题。他说，你的错误只是一个指头的问题，是小指头，而且是半个小指头，不是路线错误，不是政策错误，就是粗暴，不适宜在少数民族地区工作。新疆问题是对我一生中最大的打击。中央政治局开会，散会时，毛主席同我紧紧地握了一下手，没有说话。散会后，我到董(必武)老那里，谁知他把朱老总、林(伯渠)老都找来了。他们几位老人家开会时没有讲话，他们替我惋惜。”批判过了头
