郭汝栋回答说:“我和杨森感情不好，无法劝他;袭击他，我力量不够;不过如杨森出兵，我可以一兵一卒也不他。”郭汝瑰怎么也没有想到，郭汝栋在他表示绝不支持杨森的同时，已派出特使去南京向蒋介石表示效忠了。郭汝瑰还欣欣然地写密信向吴玉章报告: “郭汝栋已接受了他的第三种意见”，自己也被郭汝栋安排在政治部任科员。他到处发表演讲，宣传孙中山的“联俄、联共、扶助农工”的三大政策，斥责蒋介石背叛革命的行为，并赢得了以后成为他妻子的女师学生方学兰的深爱，很快成为涪陵城里有名的红色人物。
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但是不久,以汪精卫为首的武汉国民政府，就与南京的蒋介石合流反共。郭汝瑰从此便与吴玉章失去联系，只好留在尚能容共的郭汝栋部。1928年5月，郭汝瑰由少校团副、共产党支部负责人袁镜铭介绍，加入中国共产党，实现了他追求的愿望。
川军“清共”,被遣赴日本士官学校学习
郭汝瑰在川军中滞留三年，发现堂兄郭汝栋日趋反动。此人先是受蒋介石的指使，杀害了自己的恩师、在涪陵龙潭地区组织工农武装的共产党李蔚如，代替杨森当上了二十军军长。旋又为扩大地盘，参加了倒杨(森)倒刘(湘)的两次军阀混战。1930年4月，蒋冯阎中原大战爆发，蒋介石调郭汝栋部到湖北驻防，以稳定其后方。这时，郭汝瑰已升任郭部独立旅一团三营营长。一天夜晚，已经离开郭部的袁镜铭，前来联系郭汝瑰，要他率领所属的第三营，配合红军游击队，举行兵暴。但因联络差错，敌我混淆，结果准备配合红军作战的这个营，竟被红军消灭大半，郭汝瑰也中弹负伤，被送进汉口同仁医院。待出院才知道三营因损失太大，已被撤销建制。郭汝瑰只好到军部担任参谋的闲职。
