第二，坚决打压“台独”活动。
蒋介石败退台湾后，为了继续维持蒋家小朝廷的反动统治，除了拿出主要精力对付人民解放军的进攻之外，同时在岛内全力坚决打压“台独”活动。他把“台独”分子的活动统称之为“叛乱”活动，“台独”分子的小组织自然也就同中共一样被列为“叛乱”组织。1949年5月19日，奉蒋介石之令出任台湾省主席的陈诚宣布：自5月20日起在全台湾实施“戒严”。此后台湾国民党当局颁布了一系列有关法令和法规，矛头直指中共和“台独”分子。其中在严惩“内乱”罪条款中规定：“意图破坏团体、窃据国土、或以非法之方法变更国宪、颠覆政府，而着手实行者，处7年以上有期徒刑。首谋者处无期徒刑。”在1949年6月21日颁布的《惩治叛乱条例》中规定：预备或阴谋犯叛乱罪者处10年有期徒刑。也就是说，即使没有付诸行动，也可以以“预备犯”或“阴谋犯”的罪名予以打击。
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国民党退台之初，蒋介石政权对“台独”分子的活动均援引上述条款，以“叛乱罪”或“涉嫌台独”等罪名予以严厉打击，毫不手软。林熊祥、许丙之流追随日本侵略分子从事“台独”活动被破获并被判刑。此后，岛内“台独”分子的活动主要表现为借“台独”来反抗国民党的白色恐怖统治。国民党当局毫不手软，至60年代末，在岛内破获多起“台独”案件，被捕者多达数千人，其要者为：
其一，“台湾再解放联盟台湾支部案”。
台湾“农复会”英语翻译黄纪南接受廖文毅的“台独”理念，于1949年3月与廖文毅侄子廖史豪秘密成立了“台湾再解放联盟台湾支部”。因其“台独”活动被警方注意，翌年5月下旬该支部7名成员先后被捕，均以“参加叛乱组织或集会”被军法处起诉并判刑。
其二，高雄“台湾共和党”案。
高雄黄阳辉受廖文毅指令，于1958-1959年秘密组建“台湾共和党”。该党计划短期内在台湾制造小规模骚乱，为兵变做准备，10年内发动兵变，夺取政权。至1959年底，黄阳辉等30多人被捕，并被处以重刑。
