中华民国一直处于内战内斗的中，从北伐、中原大战、国共内战，到1931年九一八事件和1937年全面抗日战争爆发，无力处理外蒙古问题。1927年，蒋介石主持中央政府时，苏联要求中国承认外蒙古的独立，蒋介石迫于国内人民压力回电拒
绝，并责令外蒙古执政者放弃“独立”，回归中国。1928年，外蒙古发生大规模反对独立并要求回归祖国的统一进步运动，苏联以“平叛”为由进军外蒙古进行血腥镇压，整个外蒙古血流成河，蒙古统一人士要求民国政府出兵外蒙古，中苏军
队在外蒙古东部边界发生小规模战斗。中国军队也没再进入外蒙古。此后，蒋介石政府忙于在南方镇压共产党和正义势力，之后的中日战争，使南京政府无力于外蒙古事务。亲苏的乔巴山趁机又得到发展，加上日本也制造满蒙独立事端，外蒙
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古甚至与伪满洲国签订“边界”协定，从事分裂国家的勾当。至此，外蒙古在中国内战期间形成了事实上的分离。其间1928年蒋介石主持的国军在外蒙东部边界与苏军发生了小规模战斗，之后再没有进入蒙古。直到1992年苏联解体后，苏联军队才
彻底从蒙古国撤走。与此同时，在乔巴山等人的领导下，蒙古人民共和国实行了苏联式的政治制度。
