特务杨进兴、熊祥、王少山等人一齐拥上去，把祖父双手一拢，用手巾把嘴塞起来，在腰间先刺了一刀，当时拯中在侧边房子里。他们杀了祖父后跟着用同样的方法杀了他的儿子，接着又用同样的办法杀了祖父的秘书。先杀男的后杀女的，再杀小孩。据杨进兴的口供，杨拯中在被杀害时喊了一声“打倒法西斯”。
小萝卜头宋振中(宋绮云之子)和祖父九岁的女儿也一同殉难。宋振中先是被特务杨钦典卡住脖子，后是被特务杨进兴刺中脊椎。祖父最小的女儿杨拯国在狱中出生，陪伴了父亲九年的监牢生涯后，死于特务之手，她的遗骸至今没有找到。
凶手们在祖父父子二人的面部淋上硝镪水，然后把祖父的遗体掩埋在花园的一座花坛里。
这时是1949年9月6日午夜，56岁的杨虎城，儿子杨拯中、女儿杨拯国、宋绮云夫妇及孩子宋振中、副官阎继明、警卫员张醒民等八人遇害。
他们把祖父杀害得神不知鬼不觉。所以蒋介石在刚到台湾时的宣传里，讲在重庆撤退时祖父被土匪杀了，但后来就不这么说了。
在我看来，蒋介石杀祖父多少有点报了他十三年前被扣在西安的大仇的意思。后来，毛人凤对沈醉谈到此事时说：“老头子(蒋介石)对于这件事干得如此干净利落，很感满意。”(沈醉：《杨虎城将军被囚和被惨杀的经过》，《文史资料选辑》第28辑，第17页)
那么，为什么蒋介石杀祖父不杀张学良呢?因为祖父知道西安事变的详细过程，西安事变是祖父策划的;同时，祖父始终不低头，蒋介石也不想祖父和苏联人有联系。
祖父是9月6号被杀的。9月27号，蒋介石在台湾给毛人凤和吴越祥一人奖励了一万一千大洋，为他们处理大陆事务有功。这里面包含不包含祖父的这个事件，不得而知。
两函连战和马英九为祖父平反
2005年5月，我致信中国国民党主席连战，要求国民党为祖父“平反”。我在信中说：“一个忠党爱国的老党员，国家的二级上将，没有罪名，没有审判，就这样被秘密处决，殃及子女部属，岂有天理?岂能为党纪国法所容?”在信的最后，我写道：“您应为杨虎城同志平反昭雪。”
信函发出后，很长时间没有回音。
同年11月，我接到时任台湾中国国民党大陆事务部主任张荣恭的回函。张荣恭没有回应“平反”一说，而是在信中透露一个消息来安慰我们。他在信中说：“杨虎城将军的签名与照片在本党中央公开展示，乃六十年来之首次，应系今年(2005年)国共正式和解后的新发展。”
2005年7月，马英九当选为国民党主席，同年8月正式就任。2005年12月29日，我从台湾国民党党史馆馆长邵铭煌处得知，连战先生卸任国民党主席时没有将信函转给马英九继续处理，但马英九从相关渠道得知我写信一事，提出了两点疑问。
马英九向邵铭煌提出：一、杨虎城到欧洲访问，为什么突然回国?馆藏档案中有没有明确记载?二、1949年，蒋介石是否曾下令杀害杨虎城?并让邵铭煌在台湾国民党党史馆查阅相关档案。
但是台湾国民党党史馆并没有相关的历史资料。
2006年1月19日，我致信国民党主席马英九：“希望中国国民党将为杨虎城将军平反昭雪的事情做好、做彻底(贵党应以文字形式对杨的爱国思想做出评价;对被非法长期监禁，遭到残杀并殃及子女的行为做出交代与道歉)。”
这封信发出至今，马英九及国民党一直没有回复。但是，关于他提出的那两个问题的答案，我正在逐渐在找，并不断有发现。
但是，在我看来，马英九提出的这两个问题是毫无疑问的，首先，祖父的被害，无疑是蒋介石下令的。因为祖父被关押期间，蒋介石非常关心他的关押。开始是军统局，后来是保密局。在军统局的时候，戴笠给蒋介石都有单独的电报报告关押祖父的情况，电报我都找得到。戴笠死后，军统局改组叫保密局，保密局仍然给蒋介石专报对祖父的关押情况。1947年，祖父得胆结石做手术，在住院期间，保密局给蒋介石打了三份电报，连体温、手术情况及手术后的恢复情况都给蒋介石有专报。现在从台湾公布的和我发现的情况来看，足以说明蒋介石对祖父的关注。
这与蒋介石是否下令杀害祖父有直接关系，对这么一个人，他最后的处理，保密局不可能不给蒋介石通报。就连祖父发烧多少度、体温多少都要报告给蒋介石，这个会不报吗?1949年初，蒋介石下野后，曾专门召开一个会议，不允许执行李宗仁的释放张学良和祖父的命令。
蒋介石到台湾以后的宣传，开始讲祖父是在重庆撤退时被土匪杀了。不过，现在不这样说了，说是被下面的人擅自杀掉的，可下面的人和祖父无怨无仇，而且9月6日重庆是很稳定的，因为解放军还没有入川呢，所以根本不存在混乱局面和大撤退，他的这种说法是完全站不住脚的。
