杨坚建立隋朝后，公元589年，灭陈统一全国，传国玉玺入了隋宫。唐初，太宗李世民因无传国玉玺，于是刻数方“受命宝”、“定命宝”等玉“玺”，聊以自慰。公元630，李靖率军讨伐突厥，同年，萧后与元德太子背突厥而返归中原，传国玺归于唐朝。唐末，天下大乱，群雄四起。朱温篡唐后，“传国玺”又遭厄运。后唐废帝被契丹击败，登楼自焚，玉玺也遭焚烧，下落不明。郭威建后周后，遍寻传国玺不着，无奈镌“皇帝神宝”等印玺两方，一直传至北宋。北宋哲宗时，有一个农夫在耕田时发现了传国玺，送至朝廷。经十三位大学士依据前朝记载多方考证，认定这就是始皇帝所制传国玺。但是朝野也有一些有识之士怀疑它的真伪。宋靖康元年(公元1126)，金兵破汴梁，徽钦二帝被掠走，“传国玺”也被大金国掠走，随后便销声匿迹。
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公元1294年，元世祖忽必烈去世，在大都传国玺忽然出现于集市，伯颜命人购买，玉玺从此归入大元。伯颜曾将元帝国从各处收缴来的历代印玺磨平，分发给王公大臣刻制私人印章。公元1368年，朱元璋在建康称帝，建大明。大元朝廷逃往蒙古草原。明朝初，明太祖遣徐达入漠北，追击遁逃的蒙古朝廷，期望得到传国玺，最终还是空手而返。至此，经历了一千五百多年风风雨雨的传国玺就此湮没在漫漫的历史长河中。
明清两代，偶尔有“传国玉玺”现身之鼓噪，但是都是附会、仿造之赝品。明弘治十三年(公元1500年)，有一名陕西人得到一块玉印，据称为传国玺，呈献明孝宗，但明孝宗对此深表怀疑，没有采用。明末，相传由元顺帝带入漠北的传国玺，为其后裔林丹汗所有，林丹汗兵败之后，玺落入后金太宗皇太极手中，皇太极因此称皇帝，定国号为“大清”，表示要占领中原，取代明朝的统治。
