经过讨论，会议最后决定由邱维达的74军派工兵部队执行这一特殊任务，南京市政府负责协助这一行动。随后马崇六向邱维达介绍了汪墓的一些情况。考虑到坟墓是钢筋混凝土结构，邱维达建议采用爆破的办法，说这样效果好，速度快，如果采取一些掩护性的措施，爆破行动不容易被外界探知。会议最后采纳了他的建议。
“魂兮归来”与“焚尸扬灰”
经过有关各方周密细致的准备后，爆破工作定在1946年1月20日深夜零时实施。此前三天，在中山陵与明孝陵之间实行临时管制措施，有宪兵把守各路口，禁止行人游览。
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由于某个环节出了点小问题，爆破工作被推迟了一天，1946年1月21日晚正式开始。南京市市长马超俊、陆军总部工兵指挥官马崇六、陆军74军军长邱维达等都亲临现场监督。具体负责爆破工作的指挥官是74军51师直属工兵营营长李东阳。爆破作业分为两个步骤：第一步，炸开坟墓的外层钢筋混凝土钢筋部分;第二步，炸开盛棺的内窖。在执行爆破时，利用其他音响作掩护，以防巨大的炸药声泄密。爆破实施时进展很顺利，外层钢筋混凝土很快被炸开。在做现场清理后，再炸内窖，棺材也很顺利地露出来了。几位工兵慢慢揭开棺盖，见尸体上覆盖一面青天白日满地红的旗子，尸身穿的是汪伪政府文官礼服，系藏青色长袍马褂，头戴礼帽，腰佩大绶。汪精卫面部略呈褐色而有些黑斑点，似有中毒症状。不过整个尸体保存还算完整，基本没有腐烂。显然是当初入棺时特地采取了防腐措施。
正在大家仔细观察汪精卫尸体的时候，马崇六突然下令，其他人员暂时退出墓地，由他进行棺内检查，看看随葬物品有哪些。检查结果大大出乎大家的意料，里面空空如也。除了在汪精卫的马褂口袋里发现一张白纸条外，没有任何其他随葬物。白纸条很小，上面有陈璧君用毛笔写的“魂兮归来”四个字，大概是为汪精卫招魂吧。
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检查完毕，马崇六随即命令李东阳把棺材装上陆军总部早就预备好的车，还要他务必在当晚平掉墓地，绝不能留下痕迹。邱维达建议李东阳随车护送棺木，平整墓地的事由李的副手来办。他还对马崇六表示李东阳忠实可靠，一切问题可以放心。马崇六表示同意。邱维达此举是想让李东阳去看看马崇六他们是怎么处置汪精卫的尸体的。后来，马崇六、李东阳等将装有汪精卫尸体的棺木一直送到清凉山并火化，随后再命令火葬场工人用鼓风机向炉膛送风，汪精卫的骨灰随即被扬散无踪。第二天，李东阳向邱维达汇报了“焚尸扬灰”的经过。而梅花山墓地也由李东阳副手带领工兵部队连夜平整完毕。至此，汪精卫的坟墓、尸体彻底从人间“蒸发”了。
此后的一段时间，李东阳的工兵部队奉命继续施工，在原址新建了一座小亭子，名为“观梅轩”，此为一座长方形亭子，由孙科题名。还在亭子周围栽种了许多花木，梅花山的南北麓都修了小路，变成了一处风景宜人的游玩场所。不明就里的人根本看不出这里曾经是汪精卫的墓地。
炸墓行动以后，大家都以为汪墓是被移往别处了。不过，仅仅过了一个月，这件事还是被泄露出来了。很快，得知消息的汪精卫的女儿从国外匆匆赶回，先到了国民党南京市政府，点名要见市长马超俊，说要讨个说法。马超俊知道怎么回事，躲着不见。汪精卫的女儿又去找何应钦，被陆军总部的卫兵挡住，不让进门。一连多日，均是如此，无奈之下，汪的女儿拿出泼妇的手段，在陆军总部门前开始哭闹，大骂何应钦不该炸其父的坟墓。她要何应钦交还汪精卫的骨灰。这当然是不可能做到的，所以何应钦干脆不理她。陆军总部参谋长萧毅肃把这一切都看在眼里。他当即命令手下一个参谋带两个警卫，拿着手枪，出来对汪精卫的女儿说，如果再不离开这里，就以捣乱秩序和袒护汉奸罪论处，她只好灰溜溜地离开了南京。
