1947年4月30日，杨虎城被移押重庆原中美合作所杨家山一平房内，由交警大队和宪兵24团一个连看守。7月，杨将军胆结石病急性发作，在童家桥洗布塘中央医院童家桥分院(前身为军统局四一医院)，由中央医院医生陈仁亨割掉胆囊。后又由牙科学博士蒋祝华拔掉两颗牙齿，并为他配上假牙，正是蒋医生配的这两颗假牙，为日后确认杨虎城遗体提供了科学依据。
据蒋祝华医生回忆：1947年夏天某日，蒋祝华突然接到伪中央医院谢锡珙院长打来的电话，要他准备医疗器械，一会儿有车来接他去为一个病人拔牙。大约半个钟头后，果然就来了一辆美式吉普车，蒋医生带上他的学生简华彬和张维汉医生一同前行。车开到歌乐山下，经过一道大门检查，然后就到了一个办公室，有两个人陪他们吃中饭。吃完饭后，他们就被带到山上最高的一幢房子，四面有持枪的岗警。当蒋医生等人坐下后，有一个人来给他们招呼，叫他们一会治病时不要多问，稍后，另外的人便带了一个病人来与蒋医生对面坐下，并介绍这是杨老先生。蒋医生见杨先生个子高大，头发蓬松，未戴帽子，也未戴眼镜，未加修饰的脸上，留有二三寸胡须。他穿了一身陈旧的黑色长绸衫，面容严肃，气宇不凡。但是他全身带有一股浓浓的臭味。当蒋医生一跨进这个地方，他就意识到这位杨先生不是一般的政治犯，既然要请有着他这种医学资历的人来替这个人看病，这姓杨的绝非一般的人。蒋医生开始为杨先生检查，问他哪里不好?杨先生没有说话，只用手指着上唇。蒋医生在检查时，发现他两颗上中前门牙松动，明显叩痛，是创伤引起的根尖脓肿，如果早进行治疗，就不会发展这么严重。于是蒋医生提出这两颗牙齿应该到医院照片、作根管治疗及根尖切除手术。但旁边的人说：“到医院去不行，我们这里没有条件，也没有医生，请你来，你把它拔掉就行了。”
蒋医生回忆说：“我当时感到很愕然，既不能按我提出的方案治疗，又要拔除能够保留的牙齿，心里感到很是不安。杨老先生由于疼痛难忍，只有同意把牙拔了，我只好违心地为他消了毒，打了麻药针，很仔细地分离了牙龈，轻轻地把牙拔掉了，再进行了止血。我问杨先生痛不痛，他摇头表示不痛。手术后，他就被看管的人带走了。当时我就与他约好：一个月后再去为他镶牙。后来，他们用吉普车把我们送回了医院。在返回的路上，张维汉医生在我耳边细声问我，知不知道杨老先生是谁，我说不知道，他说那就是杨虎城。我很震惊，当时全国人民都不知道杨虎城将军囚禁在哪里，原来却在歌乐山麓。一个月后，按照约定时间，下午两点钟有车接我们去为杨虎城将军镶牙，由于我已知道他就是发动举世闻名的西安事变的爱国将军，心中对他产生了敬意。我早已为他想到了最好的修复方案，采用当时最好的黄金丁牙为他修复，并且在他的唇侧设有基底，固定在最稳当、最舒适的牙上。车到后，我便把给杨将军镶牙的想法讲给看守听，但遭到反对，我只得为他安装瓷牙。当我与杨将军见面时，我看见他仍然穿着上次的那件衣服，周身臭气四溢，但他仍保持着固有的威严气度。我便开始为他检查打样，取石膏模型。这些本来可以让我的助手去做的，但是出于对一位爱国将领的尊重，我都亲手制作，完成了假牙，又为他装戴上，经过几次修整，我问他是否合适，他点头表示满意。然后很快又被管理他的人带走了。”
杨虎城病体稍愈，夫人谢葆贞的病情却不断恶化，甚至发展到十多天不吃食物。杨虎城的专职医官张静甫技穷，只好从中央医院请来同学张维汉、任万山两医生会诊，经两医生建议，又请来成都的专家刘昌永。将谢葆贞送到童家桥分院治疗几天，毫不见成效。
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1947年12月27日，谢葆贞不堪折磨，产生了自杀的念头。护士劝她服药时，她说：“你那金戒指好漂亮啊，给我看看吧。”护士没有在意，取下给她，她接过去一下便塞进口中，吞入肚内。护士吓得大叫起来，医生们闻声匆匆跑来，赶紧施行抢救措施。但谢葆贞拒绝救治，刘昌永医生不得不让几名医护人员强力将她按在病床上。她已经二十多天粒米未进，身体十分虚弱。刘昌永为她注射葡萄糖液，针头刚一插进去，谢葆贞便停止了呼吸。
人生最大的伤心事，莫过于老年丧子，中年丧妻。丧妻之痛使杨虎城一连数日不语不眠，唯将爱女搂坐膝上，相对垂泪……
谢葆贞火化后，杨虎城将夫人的骨灰殓入一个尺多见方的箱子内，白昼为伴，夜晚共枕。
1949年元旦，国民政府蒋介石总统发表元旦文告，作出主张和谈的姿态。
1月18日，蒋介石重新安排人事，派朱绍良为福州绥靖公署主任，张群为重庆绥靖公署主任。
1月21日正午，蒋介石约宴五院院长，正式宣布引退。下午2时，又在黄埔路总统官邸召集国民党中央常委临时会议，出示他和李宗仁的联名宣言，宣布：“于本月21日起由李副总统代行总统职权。”
宣布散会后，老态龙钟的于右任忽然追上前去，喊道：“总裁，总裁!”
蒋介石停下问道：“何事?”
于右任说：“为和谈方便起见，可否请总裁在离京之前，下个手令把张学良、杨虎城放出来?”
蒋介石把手一甩，说：“那是政府的事，我已经不是总统了，你找德邻(李宗仁)办去吧!”说罢，便加快脚步走了。当天，《中央日报》宣布蒋介石引退。下午4时10分，蒋介石一行乘专机经杭州到奉化溪口老家隐居。
22日，李代总统下令释放张学良、杨虎城，为表和谈诚意，下令取消剿总，改各地绥靖公署为军政长官公署;撤销特别刑事庭。3月20日晚，川盟负责人范朴斋向张群提供成渝两地“六一”被捕民盟盟员名单37人。3月21日，国民党和谈代表团飞赴北平的前一天，田一平等18人从渣滓洞被营救出狱。同一天，兰国农等三人从白公馆被放出。此后，又有一些人通过疏通关系获保释。
重庆《大公报》、《新民报》，南京《江南晚报》、《人报》，香港《华商日报》、《文汇报》，接连登载了有关开释杨虎城的消息：
1月24日，李代总统电令台湾省主席陈仪、重庆市市长杨森：着令释放张学良、杨虎城，并以专机送他们到南京共商国是。
1月26日上午9时，国民党重庆市市政府接李代总统释放杨虎城电令后，监察院院长于右任曾与杨森通电话，探询杨虎城近况。
张学良软禁在台湾新竹县井上温泉;杨虎城拘押在重庆近郊某处，据闻设在重庆的绥靖公署主任朱绍良离任前往探视。
旅京陕籍人士于右任、孙蔚如等各方接洽，闻派专机迎杨氏离渝来京，孙将军并拟亲搭专机飞渝迎杨氏。李代总统之代表甘介侯拟近期专机飞渝迎杨氏。
对于释放杨虎城的命令，新闻界已传得沸沸扬扬，国民党内却没有任何人出来接受此任，当时毛人凤已率保密局机关的大小特务由南京撤退到上海办公，根本不理这回事。而给李代总统配的徐记保密局(局长徐传道)仅是个摆设，根本无权办理如此大事。李宗仁一看自己的命令得不到执行，便直接致电重庆市长杨森，要他释放杨虎城。
杨森是蒋介石的忠实走狗，当然不会听李宗仁的话，但又不便公开违抗李代总统的命令，只好虚与委蛇，召开新闻记者招待会借媒介向社会各界表明：“李代总统释放杨将军的命令，已于26日到达本府，本府理当遵命行事。但鄙人确不清楚杨虎城现在羁押在什么地方。而且，这个事情也不该我管，故除将电令转请重庆绥靖公署张长官处理外，并决定如此电复中央。”
