“文革”后回到美国
特殊年代的中国，政治风云真是变幻莫测。李敦白的这种“风头正健”的日子，仅仅维持了六个月。1967年8月底，“中央文革”派人到广播局，宣布解散“三人小组”，建立新的领导机构，并且通知李敦白，“离开广播局，有特殊任务”。当时，李敦白还抱有幻想，以为又会“有什么重要工作”呢。
但是，接下来的一系列信息预示着李敦白的幻想只是一厢情愿而已。是年秋天，一张“五一”节期间中国领导人和外国友人的合影在英文版的《北京周报》再次发表，但是这一次李敦白所在的位置却被全部涂黑了。9月，“中央文革小组”开始在各地各部门清查和镇压所谓的“五一六分子”，外国专家中的一些造反派人物（连同被造反派当作批判对象的一些外国专家）纷纷被冠以“五一六分子”、“国际间谍”之类的罪名受到批斗，有的被迫离开中国，还有的甚至被抓进监狱。
1968年2月21日晚上，李敦白被人从家中带走了，说是局领导要跟他谈工作。当他被带进一个小办公室后，就有人向他宣布：“李敦白，你被捕了。”接着就被送到关押重要犯人的秦城监狱中，从而结束了他的政治生涯。对此，他一时想不通：“我响应无产阶级司令部的号召闹革命，稀里糊涂地干了半年，结果闹到牢房里来了，真是不可思议啊。”他后来才知道，江青和康生早在前一年初夏就开始对他进行秘密调查，决定把过去欣赏、提拔的这个美国人“搞掉”，并说：“广播局竟被一个美国特务统治了半年。”他在牢房里反思自己的境遇，“第二次坐牢，我心里舒服了。第一次是不知道原因，第二次我知道为什么。我的根本问题是不应该卷入斗争，那太傻。”李敦白后来回忆说。李敦白被捕后，他的亲属也受到牵连，王玉琳去五七干校“变相劳改”，孩子们一度无家可归、流落街头，岳父也含冤病逝了。
滑稽的是，造反派关押审讯李敦白时，坚持把他视为“中国赫鲁晓夫”刘少奇的同党，硬要李敦白承认，他领导着一个“国际间谍网”，王光美是其中的成员，并通过她发展了刘少奇。
1972年，毛泽东对于解放干部作了许多批示。根据毛泽东关于解放干部的意图，主持中央日常工作的周恩来加快了“解放”干部，落实干部政策、知识分子政策的进程，许多受迫害的干部陆续获得解放，恢复工作。到1973年1月，一大批被关押的外国专家都被释放了。但唯独李敦白没有平反。按照周恩来在一次会上的说法，因为李敦白“参与了坏份子的破坏活动”、“卷入了王力、关锋和戚本禹等人的反革命集团”。对此，李敦白在回忆录中是这样解读的：“其实我很感激老朋友周恩来说那些话。他并不是在指责我，而是在保护我，因为他说那些话的时候，我正被指控一个更严重的罪名——特务，所以他事实上是想避重就轻。”
李敦白在狱中跟外界的接触只有《人民日报》。他每天从第一个字读到最后一个字，一方面可以消磨难耐的寂寞时光，另一方面可以从中观察政治动态，像林彪事件、尼克松访华、周恩来逝世、朱德逝世、毛泽东逝世、唐山大地震等。突然有一天，他发现报纸上“文革”的消息不见了，江青等人的名字也不见了，再后来，他听到了江青又高又尖的声音。他知道，江青进来了，他该出去了。
1977年11月19日，经过9年零8个月零1天的关押，李敦白被释放出狱，成为了外国专家造反派中最后一个被释放的人。与此同时，王玉琳和子女也解除了隔离。
出狱的当天晚上，驻香港的美联社记者给李敦白打来了长途电话，问他出狱后的打算。由于长期单人监禁，李敦白连话都说不连贯了，他艰难地用英语回答：“我不能马上回去，因为我还有两件事要做。第一，我要知道中国在10年间的变化；第二，要把身体养好。”
出狱后的李敦白没有回到广播事业局，而是先后在新华社、中国社会科学院担任顾问。经过王玉琳的多方奔走，1982年，李敦白得到了一份彻底的平反结论。平反结论认为“李敦白同志1945年到中国以来，为中国人民做了许多有益工作，对中国人民的革命事业是有重要贡献的”，并将1968年入狱定为“被错误关押审查”、“纯属冤案”，“应予彻底平反”。
1980年3月17日，李敦白携妻子儿女回到了阔别35年之久的美国。对于他的这个选择，他是这样说的：“我回美国，并不是背离了中国”，“我一直希望在中美之间架设沟通的桥梁，现在中国的桥头我已经无能为力了，到了该回美国那端努力的时候了。”“我还是那个努力在中美之间架起桥梁的人。只要在这座桥上发挥作用，再小的人物也可以变得很伟大。”
李敦白在中国非同寻常的经历对他来说是一笔宝贵的财富。晚年的李敦白与妻子在美国注册了一家公司，名称就叫“李敦白有限公司”，专门为在中国做生意的美国公司做咨询顾问，用他自己的话说，就是“以一种新的方式，做些实际的、对中国有益的事情”。
