在“二十三条”的修改过程中，毛泽东亲自对文件作了多处修改，并加了一段措辞很严厉的批语，如：“不是说什么社会里‘四清'’四不清‘矛盾，也不是说什么党的内外矛盾交叉。从字面看来，所谓’四清‘’四不清‘过去历史上什么社会里也能用；所谓党内外矛盾交叉，什么党派也能用；都没有说明今天矛盾的性质，因此不是马克思列宁主义的。”
“二十三条”去掉了原“十七条”中关于“扎根串联”的相关内容，代之以“在整个运动中，省、地、县级党委和工作队，必须逐步做到，依靠群众大多数，依靠干部大多数（包括放了包袱的干部），实行群众、干部、工作队’三结合‘”等规定。
此外，“二十三条”规定，城市和乡村的社会主义教育运动，今后一律简称“四清”：清政治，清经济，清组织，清思想。城市中社会主义教育运动过去称为“五反”运动，以后通称“四清”运动，取消“五反”的名称。
1月14日，此次历时一个月的中央工作会议终于结束了。可是，这次会议却造成了毛泽东和刘少奇这两位主要领导人之间巨大的裂痕。经历了这次会议的许多人都为这种情况的出现而忧心忡忡。会议期间，朱德、贺龙等人找到刘少奇，希望他顾全大局，要谨慎，要尊重毛泽东。刘少奇也为此主动找毛泽东谈话，并作了自我批评。他还在自己家里举行有部分中央领导人参加的党内生活会，听取他人的批评和帮助，并且让陈伯达将每天生活会的情况向毛泽东汇报。然而，刘少奇的这些努力，并非达到了他所期望的效果。中央政治局在开会时，刘少奇检讨说：对主席不够尊重。毛泽东说：这不是尊重不尊重的问题，而是马克思主义同修正主义的问题，在原则问题上，我是从来不让步的。事已至此，两位伟人之间的裂痕已是无法弥合了。
经历了这个过程的薄一波后来回忆说：“党内高层领导中发生的这些思想分歧，影响是深远的。最严重的是使毛主席产生了对少奇同志的不信任，从而埋下了发动’文化大革命‘的种子。毛主席1966年8月5日在八届十一中全会上写的那张《炮打司令部——我的一张大字报》中，就把'1964年形左实右的错误倾向’，作为少奇同志的一条罪状。10月25日，毛主席在中央工作会议上还回顾说，在制定”二十三条“的时候，就引起了他的警惕。1970年12月18日，当斯诺问毛主席从什么时候明显感觉到必须把刘少奇从政治上搞掉时，毛主席也回答说是制定”二十三条“那个时候。”
到1965年上半年，全国已有649个县结束了“四清”，占总数的32%。已经基本结束的有北京、上海两市，完成了40%以上的有河北、辽宁两省。从1965年下半年起，毛泽东对“四清”运动已不大感兴趣，认为“四清”也好，与“四清”同时进行的文化领域的大批判也好，都不能从根本上解决“反修防修”问题，转而酝酿发动一场新的自下而上的运动，来解决社会主义和资本主义两条道路谁战胜谁的问题。
