没办法，陈赓只好电告军委。陈赓的主要理由是：
此次侧击行动，构不成对敌人的包围。我部人马逾万，稍行动作，极易被敌发觉。而白崇禧一旦发觉，即会火速退回两广，于下仗极为不利；而且又时值盛暑，北方兵多，水土不服，非战斗减员甚多。为此陈赓建议，充分利用我兵团有利态势，继续向南推进，搞大迂回，占广州，堵截敌人向广东之逃路。当然，陈赓也同时表示，部队正在待命，准备随时执行四野的作战计划。
电报主送毛泽东、中央军委并报林彪及刘伯承、邓小平。刘、邓此时是二野的司令员、政委，陈赓原归他们领导。
林彪很快回电：我决心已下，不能更改，立即执行。
电报主送刘、邓、陈赓，并转毛泽东。
但是毛泽东的电报也于7月17日接踵而至。毛泽东支持了陈赓，否定了林彪这种“赶鸭子”的战术。毛泽东在电文中说：白崇禧本钱小，极机灵，非万不得已决不和我作战，因此，对白作战，应采取远距离包围迂回方法，以掌握主动。
回电也同时发给林彪和刘伯承、邓小平。林彪又将毛泽东的回电批转给陈赓。
因为毛泽东还指出：四兵团与十五兵团（两个军）由陈赓指挥，经赣州进军广东。四兵团为深入广西寻歼白崇禧之南路军，由广州向广西南部前进……
陈赓7月20日由斗门姚经南昌到樟树镇，接毛泽东的电令后24日即去南昌，同十五兵团邓华司令员会晤，商讨有关并肩入粤作战问题。陈赓曾顺便问过邓华：“你们对那个打法（指林彪的那个‘赶鸭子’战术）怎么看？”
邓华说：“现在我们的部队实际上不能作战，非战斗减员特别多，每天几千人几千人的生病，拉肚子、打摆子、发高烧比比皆是。”
“你们为什么不报告呢？”
“林总这个人，你还不了解，他决定了的事情，别人提意见他听吗？报告也没用。”
陈赓没再说什么，他虽然在作战方针上同林彪有争论，但在公开场合，总是讲我们在四野首长领导下如何如何，他认为这样对大局、对团结有利，所以当时知道这场争论的人很少。
再次与林彪发生分歧
如果以上算是陈赓与林彪发生的第一次作战分歧，那么第二次分歧则是攻打广州。
10月1日，中华人民共和国成立。人民解放军以摧枯拉朽般威势震慑着敌人。中旬，广州守敌有弃城南逃迹象。
这个时候，林彪却接连几次发来给陈赓并报中央军委的电报：令四兵团后尾主力原地停止待命，先头追敌部队如未抓住敌人，并无把握吃掉敌人时也都现地停止，准备由曲江、英德地区直向西平行入桂，以达成协同四野于湘桂地区解决桂白（崇禧）问题。
毛泽东代表中央军委于10月10日23时复电给四野并告陈赓：完全同意你们建议，陈赓兵团即由韶关、英德之线直插桂林、柳州，断敌后路，协同主力聚歼白匪。
