然而，事不遂人愿。国防工业许多部门也乱成了一锅粥，打得不可开交。许多单位陷于瘫痪和半瘫痪的局面。
周恩来对聂荣臻说：我现在正在考虑对一些部委逐步实行军管。你尽快向中央写出一个报告，我来把报告转送主席。
聂荣臻迅速向中央写出了《关于军事接管和调整改组国防科研机构的请示报告》。
周恩来同意这个报告，并提议对国防口所属6个工业部：二机部、三机部、四机部、五机部、六机部、七机部全部实行军管。
3月18日，周恩来向毛泽东、林彪等写了一封信，连同聂荣臻的报告一同送毛泽东。
周恩来又写信给李富春、李先念、余秋里、谷牧并叶剑英：主席指示，继国防工业军管之后可对工交财贸各部，凡瘫痪陷入无政府状况者，也可实行军管。请你们明日上午集体一议。
在对各省、市、自治区和中央各部委实行军管的同时，周恩来还考虑对全国一些重要的、事关国计民生的大型厂矿企业实行军管。
3月初，周恩来指示北京卫戍区起草了一个关于对厂矿企业实行军事管制的布告。
布告指出：北京卫戍司令部奉国务院、中央军委命令，对厂矿实行军事管制，以促进无产阶级革命派大联合，筹备组成“三结合”的领导机构，搞好本单位的文化大革命和生产工作。厂矿全体人员必须坚守岗位，遵守纪律，努力工作，服从指挥。一切长期在外串联的人员限一周内回厂。否则将予必要的纪律处分，直至开除。
这一布告本来是只限于北京地区的厂矿企业，因为是北京卫戍司令部执行的。但周恩来把这一布告推向全国。
3月14日，周恩来在审阅此布告时，将“奉国务院和中央军委命令”改为“根据毛主席的指示”。次日，周恩来将此布告送毛泽东批阅。并注明：这一文件经北京卫戍区起草，并在今晚钓鱼台碰头会上修改通过。现送上请予审阅，并请主席批准。在批准后，并拟发全国参考。
3月16日，毛泽东批示：照办。
同日，周恩来亲自草拟了以中共中央名义向全国转发这一布告的批语：各级党委，各军区、军分区党委，各省、市、自治区革命委员会：现将中国人民解放军北京卫戍司令部起草并经中央批准的对需要实行军事管制的厂矿的布告，转发你们参照执行。
对于那些搞打、砸、抢，搞无政府主义的造反派来说，军管无疑是对他们的一道“紧箍咒”。因此，军管常常受到来自各方面的冲击，特别是当解放军受到冲击时更是如此。
为了维护军管的威信，周恩来与冲击、破坏军管的行为作了不懈的斗争。
4月15日，周恩来在与广州各群众组织代表座谈时，一造反派代表公然指责军管是“阴谋”。
周恩来当即站起来严厉地批评说：军管是毛主席根据各方面的情况亲自决定的，是我经手办的这件事。你这样说，就是把矛头直接指向党中央，我不能不激动，不能不站出来维护毛主席和党中央的决定。你要承认这句话是讲错了。军管是完全正确的。
6月24日，周恩来接见参加全国生产供销会议的各省市军管会代表团负责人时说：我们无论如何要坚持军管有效，不管哪一派，都要遵守军管规定，不能允许派别组织的权力比军管会的权力还大。
11月28日，驻合肥市的12军军长李德生报告：一群人大闹军管会半个多月，冲砸军部，打伤军首长。部队反复劝说都无效。怎么办？
周恩来当即指示：以电话告李军长，先进行政治工作；不听，宣布“九五”命令，进行分化，要他们交出祸首凶手；再不听，待其直接行凶，当场将凶手逮捕。
对胁从者晓以大义，宣布一律不究，但如再犯，仍将当场逮捕凶手祸首。
12月10日，李德生又报告：安徽芜湖“三筹处”所属4个群众组织拒绝交出武器，搞打、砸、抢、抄，12月以来三次冲击部队，抢走大批枪支弹药，抢占军管会大楼，使军管会无法办公。
周恩来电复李德生：以安徽省军管会的名义向这4个组织打、砸、抢、抄的小集团提出书面警告，要他们按照中央“九五”命令，立即停止这种非法行为，将武器封存上交。如仍不听劝告，继续犯法，军管会将执行中央命令，依法处理。
12月14日，周恩来接见江苏造反派代表时，严厉批评对军管会的冲击，说：不能把军管制度冲掉。两派都要服从军管会。军管的威信无论如何一定要树立起来。
一定要把军管搞好。如果军管没有权威，那怎么过渡到革命大联合、革命三结合？你们想一想，能靠你们一派领导？
说到这里，周恩来指着一造反派头头责问：你来当革命委员会主任，行吗？
到1967年下半年，全国绝大多数的省、市、自治区，中央、国务院各部委，一些重要的铁路枢纽站段、大型厂矿企业、港口码头、医院、银行、新闻宣传部门等，都实行了军管。
正如周恩来所说，军管是在夺权中许多地区、单位的革命大联合、三结合条件不成熟，领导机关又瘫痪的情况下派出的，是革命委员会还没有建立起来之前一种暂时的过渡办法。
周恩来说军管是一种暂时的过渡办法，这是一种客气的说法。实际上，军管是对错误的夺权行动所造成恶果的一种补救。军管制度的实行，客观上宣告了毛泽东支持的夺权行动的失败。
尽管各地各单位的军管会在当时的历史条件下不可避免地执行过一些“左”的政策，但是，从总体上说，当时的军管对保证社会秩序，保证党和国家各方面工作的基本运行，特别是经济工作的维系，如铁路交通，还是起了相当重要的作用。
当然，军管也并没有彻底解决混乱的问题，但如果当时不采取军管的措施，全国局面乱到什么程度，我们今天还很难想像。
