S21和钟屋杀人场
和一切独裁者一样，出于对已经到手的政权的不自信甚至是对自己的不自信，波尔布特紧接着就要实践他在中国“文革”时期学到的“无产阶级专政下继续革命”的理论。
在短短3年8个月执政期间波尔布特进行了9次大清洗．真正实践了“七八个月就来一次”。红色高棉的屠刀所向真是匪夷所思，除了旧政权的官员和军人遭到大规模屠杀外，商人、僧侣和知识分子都以“不易改造且对新社会有害”为由一律肉体消灭。随后波尔布特又从党内嗅到不详的气息，1976年他在党的会议上忧心忡忡地指出“党的躯体已经生病了”。话音未落，屠刀已至，一大批曾经和他一起战斗的“兄弟们”，从巴黎的马列小组同学到丛林中的同志，都遭到血腥的清洗。中央高层领导几乎被处决殆尽，包括内政部长，经济与财贸部长，农业部长，公共工程部长，情报部长，通讯、贸易、工业和橡胶种植业部长，国务委员第一、第二副主席，主管经济的副总理，乃至柬共主要的两位创始人、波尔布特的亲密战友符宁和胡荣在内，都没有逃脱被从肉体上消灭的命运。军队方面，柬埔寨革命军总参谋部人员，除总长宋成以外被全部捕杀，即使宋成最终也难逃一劫，波尔布特终于在十几年后的1997年以反叛罪将其全家11口成员全部杀光。
波尔布特为他的屠杀的冠名，每一位中国人民都耳熟能详——“清理阶级队伍”。为了屠杀的便利．一座位于金边市中心的高级中学——TualSvayPrey被改建成监狱(图士楞监狱)，又在距离这里12公里的市郊建成了杀戮中心，这就是臭名昭著于世的S21和钟屋杀人场，所有曾经到访过这两处的旅游者无不留下终生难忘的噩梦。
S21是全国最大的拘禁与拷打中心。1975----1978年的4个年头里，超过2万人在这里被拘禁和拷打，有些人就死在这里，更多的人被送往钟屋杀人场被有计划地处决。红色高棉变态地乐于展示其残暴和野蛮，S21对每一位新进的囚犯都要照相，甚至在他们受刑的前后都要照相，丝毫不在意将来会成为罪证。
如今已经成为监狱博物馆的S21，每一间囚室里都贴满了受难者的照片，上至七八十岁的白发老人，下至刚刚出生的婴儿。这些人最后都被折磨致死或分批处决了。1979年初越南军队占领金边时．S21中只有几个囚犯还活着，他们都是依靠绘画、机械修理或摄影技术得以活命。就在越南军队逼近城区的几小时内还有14名囚犯被折磨致死，他们悲惨死状的照片就挂在发现他们被肢解的房间，残破的尸体就被埋在院子里。S21的酷刑骇人听闻，人们至今还能看到沾满污血的刑床，锈迹斑驳的连环脚镣，高耸的拷打架，浸泡头颅的水缸……就连监狱的管理者以及狱卒也往往不能幸免，他们频繁地被撤换并死在原先施暴的地方。在越南军队兵临城下，S2l被放弃的最后时刻，监狱长HOR处死了自己最小的弟弟，原因不明。
和S21相比，钟屋是个毫无悬念的“此处无人生还”的地方。囚犯们被塞进卡车，一路颠簸被送到这个绝命营。这里没有关押犯人的地方，只有刽子手办公室和DDT仓库。人们首先闻到的是浓重的血腥和DDT的味道，听到的是高音喇叭放出的震耳欲聋的歌声。因为处决每天都在按计划批量进行，年轻的刽子手为了节省子弹一般都是用棍棒将受难者打死或者用锄头直接铲断头颅。受害者的血腥和惨叫不得不用DDT和高音喇叭发出的噪音来掩盖。有时押送来整车的女犯和儿童，刽子手们干脆连棍棒都不用，直接倒提孩子双腿，活活摔死在大树上，然后再奸污他们的母亲。至今人们还能看见深深地镶在树干上的小牙齿和散落在葬坑旁的褴褛破布。每一位狱卒都被要求执行处决，否则只能落得被处决的下场(Mr．HIM HuY口述，见影片《Behind th wall 0fS21》)。1980年，人们从这个原来美丽的龙眼种植园中挖出了8589具遗骸。1988年这里建起了一座美丽的高塔，在透明玻璃的后面八千多个头颅按照年龄、性别从塔底一直排列到塔顶。钟屋现已探清的129个集体葬坑至今还有43个尚未挖掘。吴哥、暹粒、马德望等地也有大大小小的杀人场，只是没有像图士楞和钟屋这样建成博物馆。
华侨的命运
在波尔布特大屠杀的年代中，柬埔寨的华侨和越侨遭受了比柬埔寨人民更大的苦难。在柬的大约2万名越南侨民几乎被斩尽杀绝，这是1978年越南大举入侵的最直接的理由。柬埔寨的华人在1975年红色高棉上台之初大约有60万，而在1979年暴政结束时只剩下了30万。
朗诺政变之初，中国大使馆曾通知华侨干部去“解放区”参加柬埔寨革命，组织关系留待中柬两党日后协商解决。一千多侨干和男女青年慷慨激昂奔向“解放区”，加入柬人民抗美斗争。
实际上柬共并不欢迎这些华侨干部，因此北京方面决定并宣布，中国共产党和柬埔寨共产党已经取得协议，决定将柬埔寨华运组织的全体成员移交给柬方，“中共已经把你们全交给我们了!”而红色高棉掌握政权后立即开始宣传，“华侨都是资产阶级，有史以来都是吸柬埔寨人血的。
