在这场会战中，最令人印象深刻的就是死守四行仓库的“八百壮士”的事迹。孙元良将“死守上海最后阵地”的命令，交给第88师第524团团附（级别在团长、副团长之后的军职）谢晋元中校。“八百壮士”在国民革命军主力撤离上海后，仍在原阵地抵抗10倍之众的日军，振奋了全国军民的士气，也让世界对中国刮目相看。
1937年12月，日军进犯南京。孙元良指挥第72军防守安德门、雨花台一带，辖下第88师的3名旅长阵亡2名，6名团长阵亡3名，营长阵亡11名，连排长阵亡人数也占全员的八成，士兵伤亡难计其数。从南京撤守后，孙元良却被人诬告军纪不良，遭撤职查办，投监羁押42天。
1944年冬天，已复出的孙元良担任第28集团军副总司令兼第29军军长。日军集中主力攻陷贵州独山，准备直捣重庆。孙元良率第29军援救，在欠缺车辆运输的情况下，多以徒步行军，最后一段还得穿越溃军和难民。他指挥900多人抵御日军第三师团的两个联队，终于收复南丹、独山等要地，扭转了危局，孙元良也因此战功荣获“青天白日”勋章。
抗战胜利后，孙元良因和当时的“军政部长”陈诚有过节而未受重用，只是先后出任南京附近的常（熟）镇地区警备司令、重庆警备司令等次要军职。国共内战爆发后，孙元良出任第16兵团司令官，1948年率部参加淮海战役，遭华东野战军包围后，12月6日自行突围，所率之众多数被歼。对这场战役的失败，孙元良始终耿耿于怀，成为心中难以忘却之痛。
报请退役改行经商1949年，孙元良率第16兵团残部驻守四川。由于所率第41军、第47军通电起义，他只好搭机离开大陆，经香港到达台湾。
孙元良到了台湾后，与他有宿怨的陈诚正是炙手可热，成为蒋介石的左右手，纵使孙元良是黄埔一期的“天子门生”，仍然面临投闲置散的命运。孙元良几经衡量，自认在军中已无发展机会，于是报请退役，领了微薄的退休金，改行经商，自食其力。
将军卖面养鸡活到103岁孙元良从军人转为商人，一路走得相当辛苦。他先远渡日本开餐厅，后回到台湾，在高雄加工出口区经营成衣。秦汉接受媒体采访时说：“那时，我年纪还小，记忆中父亲曾穿过军服，忙进忙出。我们住在台北北投区，家里养鸡、养猪，和大多数当年的台湾人一样生活。后来，父亲离开台湾到日本经商，一度卖面维生。有人说他是‘卖面将军’，但父亲不以为意，他说这是自力更生。父亲从日本返台后，到高雄的加工出口区经营成衣工作。”
孙元良的豁达与韧性，加上重视养生，所以活到了103岁高龄。当媒体问他养生之道时，孙元良说：“我平生不抽烟，不饮酒，不吃辛辣，不吃葱姜蒜，不吃泡菜、腌菜，不吃腐乳、酱瓜，不吃凉拌菜，不吃西餐中的调味汁，不吃没煮熟的生酱油，每天喝几杯香片茶。我虽有这些忌口，倒也无病无痛。”
孙元良还说：“我平生只进过两次医院：一次是因脚癣入广州公医院治疗，适逢廖仲恺先生遇刺，我亲眼见他的遗体被抬进医院；另一次是因中弹负伤住院。除此以外，我与医生无缘。我嗜好园艺，喜欢栽种修剪花木，这是从小养成的习惯。我好读史书，从而探究文明的兴衰规律，所以人世间的荣辱名利我拿得起、放得下，也看得开。这50多年我无官一身轻，心里平静、平衡，心平才能气和。”
