不过百团大战也造成了一些消极的影响，此役之后，华北军区遭到了日军空前的经济封锁和军事打击，敌后抗日根据地极度萎缩，缩小了三分之一，武装力量也遭到了严重损失，根据地八路军的兵力下降了十万之众。
这也引发了党内军事将领对百团大战作用的争论。从时局出发，作为总揽全局的毛泽东并不主张当时就打，尽管如此，在战役初始阶段的毛泽东还是给予大力支持的，然后最终发展成为一百多个团的规模，而且持续了三个半月之久，的确出乎毛泽东预料之外，对于“百团大战”的宣传方面，毛泽东尤为不满。
作为这场战役组织指挥者之一的聂荣臻后来回忆说，延安整风中，毛泽东批评了这件事，他说这样宣传暴露了我们的力量，引起了日本侵略军对我们的重新估计，使敌人集中兵力搞我们；同时使得蒋介石增加了对我们的警惕。你宣传100多个团参战，蒋介石很惊慌，他一直有这样一个心理，害怕我们在敌后扩大力量，在他看来，我们的发展就是对于他的威胁。
1959年，彭德怀罢官，百团大战也成为他的罪状之一。时至今日，这场战役已经获得了正面评价，不过有关百团大战的讨论还远没有结束。
