但日本人对李鸿章先倨后恭，表现得过火，连他们的外务大臣也看不下去了，陆奥宗光回忆录中说，日本人“急于徒饰表面，其言行或不无虚伪失中庸者。事实上清日开战以后，我国各报，人人集于公私会夸张大言骂詈诽谤清国官民之缺点，甚而对李鸿章个人作不堪听闻之人身攻击者，今日忽然对李之遇难痛惜，往往出于谀辞之溢美言语，甚而列举李已往之功业，谓东方将来之安危系于李之生死。与其谓全国处处叹惜李之遭难，毋宁谓畏惧因此生外来之非难。”
在自己家门口险些让前来议和的外宾丧命，慰问等表面功夫当然不可少，但怎样才能给世界一个还算过得去的交待呢？
李鸿章来马关后，在春帆楼已和伊藤博文、陆奥宗光会谈三次，会谈中，李鸿章提出应先休战，再谈议和条款。这一年，伊藤博文55岁，陆奥宗光52岁，无论资历还是声望，均属李鸿章的晚辈，但晚辈却一点儿也没给前辈面子。李鸿章的休战请求被强硬拒绝。现在发生了凶案，日本人立即想到可用同意休战来笼络病床上的李鸿章。
当陆奥宗光到李鸿章病榻前宣布天皇的暂时休战决定时，“李鸿章之半脸绑绷带，以其绷带外之一眼呈十分欢喜之意。……并对我谓：其负伤尚未痊愈，虽不能赴会议所商议，但在其病床前谈判则无妨。”
暂时休战，于日本人并无实际损失，但到底能使战火中煎熬的中国人少受一点摧残，李鸿章的“十分欢喜之意”便也在情理之中了吧。
辞锐气竭的窘境小山六之助射出的子弹入骨两寸有余，所幸非要害部位，无性命之忧。日本医生均认为，要免除后患，最好将子弹取出，但须患者静养多日。李鸿章以谈判刻不容缓，拒绝了这一治疗方案。至三月十六日(公元4月10日)，仅调养了半个月的李鸿章基本痊愈，再度走上谈判桌。与伊藤博文展开了第四次、第五次会谈。
会谈的结果是众所周知的。三月廿三日(公元4月17日)，马关条约画押。条约要旨为：中国承认朝鲜独立；割让奉天南部(自鸭绿江安平河口至凤凰城、海城、营口以南)及台湾澎湖；赔偿军费2亿两白银，于三年内分八次交清；另订商约，依中国与欧美各国现在约章为本，并开苏州、杭州、沙市、重庆为口岸，日船得航行长江、运河、吴淞江，日人得在各口岸从事工艺制造，机器进口只纳进口税，日人制造货物豁免内地税、钞课、杂派；日军暂占威海卫，俟赔款付清，商约批准互换，方行撤回(中国每年付占领军费五十万两)。
这一条约对中国的严重损害不言自明，日本则借此一夜之间成为暴发户。当年日本全国财政收入为1亿日元，而《马关条约》的赔款就合3亿日元，还不包括所谓驻军费。日本通过《马关条约》获得的巨额资金，工业和军事的现代化进一步加速。现在马关的春帆楼前还立着一块石碑，上面赫然刻着“今之国威之隆，实滥觞于甲午之役”几个大字，伊藤博文和陆奥宗光也成为日本人的民族英雄，春帆楼谈判会所外的小院里，至今立着这两人的半身铜像。与伊藤相比，来签城下之盟的李鸿章就尴尬多了。后世所加的“汉奸”、“卖国贼”之名自不必说，即在当日，国内一批士大夫就开始痛骂他了。
战争还没结束时，一个叫安维峻的御史因大胆抨击慈禧太后、大太监李莲英、李鸿章这三个最显赫的人物，一时成为知识分子中的英雄。他说太后“遇事牵制”，李莲英“干预政事”，而李鸿章则简直该死，因为他“通日主和，跋扈不臣”，而其之所以不愿与日本作战的原因，是由于担心自己“寄顿倭国之私财付之东流”。李鸿章之子李经方在驻日公使任上，曾纳日女田中桂子为妾，这位安御史在奏疏中乃径书一笔，“李经方乃倭贼之婿”！最后他献上了破日的秘计：如果宣布李鸿章之罪，明正典刑，布告天下，“倭贼有不破灭”，皇上您直接砍我的头就是！
以市井传闻，强加于正负责对外军事的大臣之身，如此不经之谈，居然成为知识分子传诵的雄文，士林浮嚣之习可见一斑。
李鸿章议和谈判中的重要事项，均曾请旨。朝中大老们面对日本人的咄咄逼人，毫无办法，却把气撒在正和人艰难谈判的李鸿章身上。光绪帝师傅、人称“状元宰相”的翁同和在日记中曾写道：“数日无封奏，而电亦稀，惟李相频来电，皆议和要挟之款，不欲记，不忍记也。”翁师傅这里似乎弄错了，议和要挟的是日本人而非李鸿章。他在国内当然可以“不欲记，不忍记”，但在外面谈判的人，能不能“不欲谈，不忍谈”呢？
败军之将不言勇，城下之盟不好签。伊藤博文赤裸裸地威胁，如果谈判破裂，“我命令一下则北京之安危，有不忍言者，中国全权大使一去此地，能否再安然入北京城门，亦属不能保证。”胜利者的骄横和战败者的窘困，跃然纸上！尽管如此，整个谈判过程中，李鸿章还是竭力发挥了其滔滔雄辨之才。
马关谈判正式开始，李鸿章首谓中日“总以永好为是，如寻仇不已，则有害于华者，未必于东(日本)有益”，彼此“应力维亚洲大局，永结和好，庶我亚洲黄种之民，不为欧洲白种之民所侵蚀”，接着对日本的进步和谈判对手伊藤博文的功绩大表赞赏，又论东西洋形势，以“兄弟阋墙”相戒。二次谈判，日本提出苛刻的停战条件，李鸿章再度解说：“中日系切近邻邦，岂能长此相争？久后必须和好。但欲我好，须为中国预留体面地步，否则，我国上下伤心，即和亦能持久。”三次谈判，他劝日本“回头”，“少走几步，不亦可乎？”
正式和约谈判中，日本提出割地、赔款、重订商约等要求，李鸿章在答复的说贴中，谓“如勒令中国照办，不但不能杜绝争端，且必令日后两国争端纷纷而起，子孙永成仇敌”，“为彼此臣民深谋远虑，自应立一永远和好互相援助之约”，“屹然为亚洲东方筑一长城，不受欧洲各国之狎侮。日本如不此之图，徒将一时兵力，任情需索，则中国臣民势必尝胆卧薪，力筹报复，东方两国，同室操戈，不相援助，适来外人之攘夺耳。”并提出忠告：“极盼约章一切妥善，毫无流弊，……两国民生后来数世之造化命运，皆在两国全权大臣掌握之中。……今日赔费数目或多或少，今日思得兵力所到之地，以增幅员，或广或狭，皆属无关紧要。至于中日两国官民，日后或永远和好，或永远相仇，则有关于日本之国计民生者甚大。”他希望使“将来嫌隙无从而生，衅端无从而起”，两国百姓“永远和睦，彼此相安，福泽绵长。”
不能不说，中日必须和好的道理，李鸿章阐述得甚为透彻，可惜打了胜仗器小易盈的日本人哪里听得进去？陆奥宗光后来就不屑地说，这不过是“家常茶饭之谈”！
