第二，南京大屠杀来自把中国人民统统都当作敌人的指导思想。
日本侵略者自己完全明白，它和被侵略的中国人民是水火不能容的敌对关系。“八·一三”事变后，上海人民英勇抗日。当战场上出现胶着状态时，松井坦率地认为所有中国人都是皇军的敌人，说道：“中国官民对我无不同仇敌忾，直接间接采取诸多不利我军行动，乃至妇女儿童自动成为义勇军之一员，或担负密侦任务。”这种军民不分的指导思想，是后来造成南京大屠杀的原因之一。
松井是抱着“膺惩”中国的目的而率军来到中国。在攻陷南京前，松井限令唐生智24小时内开城门投降，否则日本军决不宽恕，“南京势必难免战祸，而千载之文化，将化为灰烬十年之经营，亦将全成为泡影”。可以认为此是松井对异国人民和文化仇视的反映，更是南京大屠杀宣言书的明确的写照。果真，松井说到做到，陷城后便把南京市民当作战斗对象进行攻击。
日本侵略军基于非正义，一经踏上中国领土，心理上就非常胆怯，时时刻刻都担心遭到中国人的袭击，处处都担心落入陷阱。第10军司令官柳川平助中将在杭州湾登陆后便深有感受，时时处处都疑神疑鬼，认为在支那“山川草木都是敌人”。在这种把中国人不论男女老少都看成是敌人的思想指导下就导致以烧杀淫掠为主要手段的罪行。据统计，登陆后的日军在金山卫乡屠杀当地平民1050人，仅在山阳一带，日军就杀害无辜农民351人，烧毁房屋4,177 间，抢杀耕牛708 头，5,300 多亩水稻和大量棉花田被烧成灰烬。属于第10军的6师团在南京大屠杀中杀害平民最多，也是出于指挥官极端错误的反动思想。
屠杀俘虏是国际法所不允许的，日本也是《战时俘虏待遇公约》的签字国。然而，日本军部在侵华战争一开始时就作出决定，不受《战时俘虏待遇公约》的约束。
日本军部为了冲破国际法的约束而绞尽脑汁，先在战争程序和文字上大做文章，强调对中国是不宣而战，可以冲破国际法这一现有的程序。有充分证据表明，这不仅是军部中央的想法，而且也可以看作是天皇的想法。
第10军第6师团的随军摄影记者在该师团司令部里看到一份传达文件，内容是：“不容许共产主义的暴虐，为粉碎共匪的猖獗活动，农民，工人自不待言，直到妇女儿童皆应杀戮之。”（《太平洋战争文献，最前线情况异常》）该师团在向昆山进攻时又接到命令说：“不论妇女儿童，凡中国人一概都杀，房屋全部放火焚烧。”洞富雄先生深入研究了所有资料后认为：“上海派遣军或第10军，或双方发出了如此残酷的命令，那是千真万确的。”（引自《大屠杀》第225页）所以，一些目睹南京大屠杀的外侨得出结论说：南京事件等所见到的日本兵的残暴行为，完全是日本军事最高当局所采取的恐怖政策的反映。德国驻南京的代表向本国外交部报告中说：“犯罪的不是这个日本人那个日本人，而是整个日本皇军……它是一部正在开动的野兽机器。”
第三，南京大屠杀反映出日本军国主义最野蛮的军事教育。南京大屠杀暴露了日本帝国主义的本性，反映了日本最高军事当局蔑视国际法的极端错误的指导思想，也反映出日本极端错误的军国主义教育和军事训练，导致了日本军队的野蛮和残忍，形成当时日本军队侵略成性的本质。
军国主义教育以天皇至上为主线，成为日本军人的精神支柱。日本建立强大的海陆空三军的目的在于强力向外推行殖民地政策，与这个目的相适应，或者说相配套的是“以在国土内外，发扬光大皇威之荣誉”为宗旨的军国主义教育。天皇至上，崇拜天皇，天皇凌驾一切之上。在日本军队里出现了许多为天皇战死而感到“光荣”的军人。
日本虽然没有公开宣布他们奉行天皇主义，实际上他们通过种种步骤在日常生活中形成了天皇主义。比如松井石根统任上海派遣军司令长官之后一段文字记载。
8月17日上午10时，余于宫中拜谒陛下，并拜受如下敕语：
朕委卿以统率上海派遣军，宜细察宇内大势，以速勘定敌军，扬皇军威武于内外，以应朕之倚重。
余奉答如下：
臣石根拜领上海派遣军之大命，受赐优渥敕语，诚惶诚恐，不胜感激之至，惟仁惟威，发扬皇军之宗旨，以安宸襟。( 《虚构》第102至103 页)以上完全以皇帝身份对臣子。君要臣死，臣不得不死。君要臣亡，臣不敢不亡。这就是极端天皇主义和对天皇崇拜的表现。
宣扬天皇至上的思想，逐步形成日本军人毫无畏惧、敢于残酷战斗的精神支柱。竹内实在《观察中国的出发点》一文中说：“在实际侵略中国的过程中，天皇的存在使平凡、胆怯的日本有了勇气和信念，有可能说服自己去进行侵略和杀戮，这是无可否认的事实。天皇本人是否喜欢这样做，这个问题这里避而不谈。在日本人一般精神状态中，天皇的存在就是如此。”(载日本《中央公认丛书》，1975年，第177 页) 在确立天皇制的过程，天皇至上的思想已经深入到当时所有日本人的意识中。
在日本崇拜天皇和军国主义教育从少年时代便形成了牢靠的基础。学生都要参加升太阳旗，唱《君之代》
我皇御统传千代，一直传到八千代，直到鹅石变岩石，直到岩石长鲜苔。
在参加升太阳旗唱《君之代》时要求绝对严肃，在操场上自不待言，哪怕是隔墙听到军乐队奏国歌曲调，意识到在升太阳旗，都要肃立致敬，表示对天皇的绝对崇拜。
教科书课本上向学生灌输侵略意识。“欲征服中国，必先征服满蒙；欲征服世界，必先征服中国”，规定学生要背熟、记牢。同时鼓励学生直接进入预备军官学校，并从各方面给予照顾，使进入预备军官学校的人得到实惠，在社会生活方面起到感召作用，把“优秀”人才集中于海陆空三军之中，以便用于对外侵略。
入伍后的军人教育首先要发扬崇拜天皇的精神。军歌《跨过大海》歌词中说：“跨过大海，尸浮海面，跨过高山，尸横遍野。为天皇捐躯，视死如归。”露骨地鼓励军人为天皇卖命，军人的头脑中已经形成在侵略他国的道路上不住手地杀人的意识，主张只有杀绝对手才能扫除占领他国领海领土的障碍，取得殖民地的可能。前面提到的“不论妇女儿童，凡中国人一概都杀，房屋放火焚烧”便是日本军杀绝他国人民的根深蒂固的意识中的反映。
军人教育中又把“武士道”精神引向崇拜天皇，忠于天皇，把“忠君、节义、廉耻、勇武、坚忍”诱导为侵略政策服务，鼓吹日本大和民族绝对优越，蔑视中国，使日本士兵心灵上受到可怕的影响。军事训练也是极其残酷的，要求极严，在操场上，在野外惩罚士兵是常有的事。由军官学校培养出来的年轻军官是日本的典型军人，他们集顽强性与残酷性于一身，不仅亲自参与杀人，并作示范，要新兵也这样做，由此进行军人教育。在南京大屠杀中用我同胞作练习刺杀的靶子便是最明显的例证。
鹈野晋大郎作为日本军人在侵略我国时犯有罪行，曾受到中华人民共和国特别军事法庭审判。他自己承认：“在担任见习士官、少尉和中尉期间，大约直接杀了四十五人。命令部下虐待俘虏而间接杀害了二百二十五人以上。”他并深有感受地说：“曾入侵中国大陆多达数百万的日本军官兵，特别是像我们这样的尉级军官，是在战争中犯下罪行的最狂暴的重要人物。我们所作所为，说是凶恶的化身也不过分。”(《〈南京大屠杀〉读后》，鹈野的手记：《以被控告的立场进行控诉》，《大屠杀》第259页)中国派遣军的情报员、下士官山冈繁，日本投降后曾作为战犯在苏联和中国被关押了15年。他少年时代就接受了军国主义教育，并在日本军队的“军人精神”熏陶下，产生了可怕的精神状态。对此，他这样说：
当时，我们对日本民族抱有一种根深蒂固的优越感，而对其他民族采取蔑视态度。还有一种残忍的武士道精神，把杀人当作英雄行为，并从崇拜天皇的极权主义出发，产生了非人道的思想，即对强者、掌握权力的人绝对服从，对弱者、不掌握权力的人使之服从。这些思想是从少年时代就开始接受教育，在军队里通过军人精神的熏陶而形成的。正由于有这些思想，才把侵略战争视为正义战争，若无其事地干下了惨无人道的行为。(引自《大屠杀》第265 页)南京大屠杀的暴行，归罪于日本军国主义教育，一点也不言过其实。
第四，南京大屠杀来自日本军队最糟糕的纪律。1937年12月17日，松井石根由中山门进入南京城内，看到南京城里城外被日本军烧杀所留下的现场后，感到自己的罪责难以掩饰，也认为：日本军是世界上风纪最坏的军队；士兵之暴行使皇威扫地。日本军风纪已成习性。有着深刻的历史根源。
“下克上”、军人以武力逼政就是一个很好的实例。1936年2月26日，日本法西斯军人策划和指挥发动政变，要求改变对外政策，杀死内阁大臣、财政大臣和教育总监等人，提出成立“军人政府”，建立军事独裁。政变虽被镇压下去，但军中的’少壮派”却更为反动。广田内阁的上台标志着日本进一步法西斯化，导致了进一步对中国的侵略，助长了“下克上精神”在军队中潜滋暗长。
无视政令军令的事在日本军队中常有发生。攻陷上海后，在向南京追击的途中，华中方面军司令部及时地下达了以苏嘉线为“限制线”的命令，要求皇军到达此线后讨伐任务誓告一段落。一方面等待德使陶德曼在京“劝蒋”的动向，同时皇军在上海经过苦战，消耗很大，官兵都很疲劳，急需休整，以恢复精力，并在此期间获得补充、补给，预计1938年1月再向南京进击。但11月15日，第10军不接受“限制线”的命令，司令官柳川平助擅自率军越过“限制线”南端的一翼，沿太湖南岸如脱缰之马，快速向南京方向追击。松井作为华中方面军司令官未及时制止，显示出他默许这种做法，在日本军中起到了下级可以不按上级命令办事的纵容作用。
柳川平助是第10军司令官，他的“表率”下级不会不模仿。总之，在日本军队中“下克上”的风气，似乎被视为一种“英雄”行为，因此军纪紊乱之程度可想而知。泷川政次郎后来特别提到南京事件，认为发生这起事件 的最大原因就在于“军队丧失统率力，军纪紊乱；在培植私人武装力量的军队里，必然出现下克上的风气。军队的实权很快转到了佐官级、尉官级，到头来转到下士官级手中。在不听从军官命令的下士官统率下，士兵们的暴行和掠夺是不可避免的。”(《新评：东京审判》，下册，第96到97页)应该看到，高级指挥官“下克上”行为的危害性要甚于下级军官。当时陆军中央得悉南京大屠杀的情报后，曾派人事局长阿南前往南京调查。而第16师团师团长中岛今朝吾竟对阿南说：“中国人不论多少，统统杀掉。”可见“下克上”的风气以及军纪的败坏又到何种地步。
