政治上否定之后，接着就是组织改组。林彪以“加强海军领导”的名义，派遣李作鹏为首的几员心腹干将到海军“掺沙子”。这伙亲信到海军后有恃无恐，到处扣帽子，打棍子，对海军成立以来的各项工作一概否定，对海军正在开展的比武活动和练兵高潮横加指责：“不突出政治”、“单纯军事观点”、“技术第一”……
主持军事训练工作的海军参谋长张学思将军不得不挺身而出，仗义执言。在一次海军党委扩大会议上，他针锋相对地说：“海军是在党中央、毛主席亲切关怀下成长发展起来的，成绩是主要的，全盘否定，不符合唯物辩证法！”海军副司令刘道生也气愤地说：“你们借突出政治，干扰和影响了军训，搞得快艇不快潜艇不潜，将来还要搞得飞机不飞！”解放军总参谋长罗瑞卿出席了这次会议，他支持海军广大干部的正确意见，对海军工作给予充分的肯定，同时，也对李作鹏一伙的谬论进行了严厉的批驳。他说：“海军党委无论在哪方面都作了很大的努力，做了大量的工作，很多工作是有成效的。这些要否定也是否定不了的。戴帽子是容易的，但是戴得不合适，就无助于问题的解决，而且要伤人！”
然而，事情并未就此而止。自林彪将一伙亲信安插进海军后，海军便不得安宁了，内部的斗争愈演愈烈。随着斗争的不断深入，就连张学思解放初期亲手创办的被誉为“海军军官摇篮”的大连海校也受到株连。由此而开始了一场全军院校的“焚书运动”。
张学思和海军的主要领导被搅得无法正常工作。张学思愈来愈感到憋气，他不愿意在这种黑白颠倒、自己又无法改变局面的环境中工作下去。因此，在“文化大革命”来临的前一年，他就向周总理提出要离开海军到六机部工作的要求。六机部是受国务院直接领导的，又是管造船的，这样，也可以在周总理直接领导下继续为海军建设贡献力量。在此前后，吕正操到张学思家串门时，张学思曾向他倾诉过自己的苦衷。吕正操又两次找周总理，谈起张学思的调动问题。
可是，周总理没有同意。他从全局考虑，决定张学思不能离开海军。为此，他以个人名义，向海军党委提出挽留张学思的三点理由：(一)他经过长期革命斗争的考验；(二)他留过学，懂得海军专业；(三)在国内外有一定影响。
