9月20日,部队全部到达哈达铺休整。期间,部队进行了整编。按照俄界会议精神,中央于22日在关帝庙召开了团以上干部会议,正式宣布红一方面军改称中国工农红军陕甘支队,下辖3个纵队。第1纵队以红1军为基础共编5个大队,把红3军13团编入第1纵队;1纵队司令员林彪,政委聂荣臻,参谋长左权,政治部主任朱瑞。第2纵队以由红3军团组成的红3军为基础,编3个大队,司令员彭德怀(10月由彭雪枫接任),政治委员李富春,副司令员刘亚楼,参谋长肖劲光,政治部主任袁国平(后为罗瑞卿);第10大队(原红10团)大队长黄珍,政委杨勇;第11大队(原红11团)大队长和政委仍是邓国清和王平;第12大队(原红12团)大队长文年生,政委苏振华。军委直属队编为第3纵队,司令员叶剑英,政委邓发。
命令宣布之后,彭德怀在离开红3军时召开了团以上干部会,在会上讲话很激动,讲着讲着眼泪就掉了下来。他首先说明了缩编和取消3军团番号的理由,接着谈了对这支部队的感情,不过他是以自我批评的方式说出来的。据王平上将回忆,彭德怀说:“我的脾气不好,骂过许多人,请同志们批评和谅解。不过我过去对你们这些团以上干部要求很严格,有时甚至苛刻一点,这都是对你们的爱护;否则,有的同志可能活不到今天,这也可以说是‘骂’出来的吧!”对于这支带起来的部队,彭德怀还是充满了信心,他说:“红3军团从第一次反‘围剿’时的几万人,至今天长征到甘南,只剩下两千多人,让错误路线快折腾光了。今天剩下的这点人,都是精华,是中国革命的骨干和希望。你们一定要再接再厉,争取全国革命的胜利。”彭德怀的讲话,使大家对他更加敬重。但是因为时间仓促,没有很好地展开讨论,这为后面留下了一个巨大的阴影。
1935年11月3日,苏维埃中央政府决定成立中国工农红军西北革命军事委员会,任命毛泽东为主席,周恩来、彭德怀为副主席。同日,西北革命军事委员会决定,恢复中国工农红军第一方面军番号,下辖红1、红15两个军团,方面军司令员彭德怀,政委毛泽东,参谋长叶剑英,副参谋长张云逸,政治部主任王稼祥,政治部副主任杨尚昆。陕甘支队整编为红1军团,军团长林彪,政委聂荣臻。军团下辖3个师,1师师长陈赓;2师师长刘亚楼;原3军团的部队编为红4师,师长陈光,政治委员彭雪枫,参谋长陈士榘,政治部主任舒同。第10、第11、12、13大队分别编为3个团,红10团团长肖桂,政委杨勇;红11团长邓国清,政委王平;红12团团长文年生,政委苏振华。军团还直属两个独立团,由陕北红军和13大队编成。这次整编以后,再也没有再恢复红3军团番号。
