东北停战以后，国军方面立刻就暴露出兵力不足之问题，盖国军占领大量土地，皆因林部四平一战后一直被国军紧逼而缓不过气来，一旦双方停战，林部立刻就显示出兵力雄厚的优势。以划分给新一军的防区为例。东起老爷岭，西迄农安，北抵松花江北岸，南达公主岭，正面宽达300英里。要有连贯的防线决无可能，只能行据点防守，被林彪围点打援将是不可避免。而蒋介石的军事思想，土地比任何都重要，收缩防线主动放弃一些地方是决不允许，总要到连部队和土地一起送掉才死心。
东北停战4月，10月初南满共军三纵四纵发起攻击，东北战事重起。12月底，杜聿明率主力南下攻击3纵4纵，林彪就于1月初一下江南，率1，2，6纵和3个独立师，先包围其塔木的113团1个营，再歼灭来援的113团主力，最后再攻克其塔木。2月，林彪率1，2，6纵，3个独立师和1个炮兵师二下江南，先在城子街歼灭89团，再围攻德惠新50师。杜聿明命新50师突围，师长潘裕昆请示孙立人。孙命新50师不要理杜的命令，坚守德惠，自带3个团增援德惠。为防林彪围点打援，孙立人带3个团长程迂回，于3月3日赶到德惠，林彪解围撤回江北。此役，149团因坚守德惠被蒋介石赐名中正团，149团2连防守松花江北岸陶赖昭桥头堡，陷于战线后30英里，被24倍以上共军围攻24天而坚守成功，被蒋介石赐名中正连。
林部四平败于新一军后，为鼓舞士气，消除对新一军的畏俱心理，提出“吃菜要吃白菜心，打仗要打新一军”。德惠之役后，反流传“只要不打新一军，不怕中央百万兵”。
3月，林彪三下江南，先重创71军，再包围杜聿明和新22师于农安。杜惊慌失措，急电九台新30师救援。唐守治率新30师迂回往援，避开了林彪的围点打援，林彪解围而去。但杜仍在其后的军事会议上指责唐守治，孙立人因此和杜当场闹翻。杜告蒋介石将孙立人调离新一军。
1947年4月，蒋介石将他升为东北保安司令部副司令长官虚职，其新1军军长之职由黄埔出身的第50师师长潘裕昆接任。同年8月，因与东北保安司令村聿明意见不合，加上东北战局不利，蒋介石将孙立人调离东北，任为代理陆军副总司令兼陆军训练部司令。不久，杜氏在东北战场一败涂地亦被调离东北，改由郑洞国任东北保安司令长官。到1948年10月，孙立人苦心经营数年并赖以起家的新1军随廖耀湘兵团在辽西会战中被林彪的东北野战军歼灭。
