其一，孔融有反动言论，孔子以前在北海为国相的时候，看到王室不振，不思报效国家，竟然公开说：我乃大圣之后，有天下者，何必卯金刀。所谓卯金刀，就是“刘”字，如此看来，孔融素怀叛逆之心。而且孔融经常素服出入皇宫，有失体统。
其次，孔融不孝顺，孔融曾经多次与人议论说：父亲和儿子没有什么亲缘关系，论其本意，不过是当初父母为了发泄情感，孩子就这样产生了；孩子对于母亲来说，不过是一件物品，就如同把一件物品放在一个小瓶子里，出来就离开了，也根本不需要孝敬。
其三，孔融虽是孔子的后代，对孔圣人非常不尊敬，祢衡说孔融“仲尼不死”，孔融非常狂妄的称赞祢衡“汝乃颜回复生”。
这几条大罪，每一条都让孔融汗流如注，尽管年轻时意气风发，可是如今毕竟是老婆孩子一大帮，孔融忽然想起来曹丞相的好处，于是请求见曹操最后一面，孔融说：曹丞相，您，您不是令属下力戒面从的吗。
曹操说：是啊，文举，我忍了你许久了。可是你飞扬跋扈，摇唇鼓舌，不看到本相的主流，傍依朝政，颠倒黑白，混淆是非，虽为圣人之后，却牵强附会，不失检点，今虽杀你，并不冤枉你吧。
孔融点了点头，仰天长叹，口占了一首诗：
言多令事败。器漏苦不密。河溃蚁孔端。山坏由猿穴。
涓涓江汉流。天窗通冥室。 谗邪害公正。浮云翳白日。
靡辞无忠诚。华繁竟不实。人有两三心。安能合为一。
三人成市虎。浸渍解胶漆。生存多所虑。长寝万事毕。
其实孔融自己也知道，自己只是死于语言不检点，曹操是个唯才是举的人，在用人之际，本来对于一个人的品行不是太看重的，只是孔融议论朝政的时候，身后跟着一大帮人，这些人为孔融马首是瞻，因此在与袁绍官渡之战前，就曾经散布过投降派的论调，所以曹操诛杀孔融还是为了争取孔融后面那一批人，至少是敲山震虎，希望他们不要做出过激的行为，否则格杀勿论。
当然这些人不知道，曹操会把孔融的名声搞得如此臭，你看他不忠不孝，而且狂悖不堪，如此国家岂能容下。孔融被杀的时候，九岁的儿子和八岁的女儿正在下棋，别人劝他们赶快跑，可是大孩子说：覆巢之下，焉有完卵。就在那里坐着等着曹军来杀。孔融听说后感慨道：正是孔融的好孩子，然后泪如雨下。
