到了正德年间，黄册制度已经出现大量的欺瞒丁户、赋役不均的现象。为此，万历九年(1582年)施行一条鞭法，将以人丁作为征税依据改为以田亩为征税依据。一条鞭法尽管增加了田赋，却使得人丁问题不再成为政府关注对象，农民获得了较多的人身自由，造成人口统计越来越难。统治者不得不另谋对策，转而实行严厉的保甲制(保甲制咱们以后再说，一般都说是宋朝开始建立)。
即使如此，逃户现象仍然屡禁不止。逃户其实就是流民，流民问题是明代极为严重的社会问题。造成逃户的原因，除了税赋过重、自然灾害之外，朱元璋制定的严格的户籍制度也是原因之一。例如，不计入统计的人口。朱元璋在位期间对这种现象就已经注意到了，但一直找不到好的办法。只不过，那时国家正处于上升期，这个问题并不严重。
但是到了永乐以后问题越来越严重，保甲制在明朝被重新使用是在成化年间。成化六年(1471年)荆襄流民因为生活得不到保障，发生了大规模的暴动。镇压下去之后，如何安置这些流民，政府的意见分为两种：一是就地安置附籍，二是全部遣返。但前者地方政府不愿意接收，显然这会造成地方政府财政倾向流民，后者则怕遣返后再次聚集闹事。
成化六年后，明朝政府决定实行保甲制。十家为甲，十甲为保。一家有罪，九家举报，若不举报，十家皆有罪。到了弘治年间，保甲制度开始在全国实行，强制要求每家门上挂牌，上写丁口人数、姓名。保甲制虽然一定程度上遏制了逃户现象，但随着吏治腐败、白银成为税收法定货币后，人们无法交税、自然灾害等多方面原因，明朝后期逃户现象反而更为严重了。最终，明朝灭亡。由此，保甲制实行的越严厉越说明人口管理问题越失败。
