在整个宋元时代明教基本上是转入地下活动，教徒也少得可怜。为了继续生存下去，明教往往打着佛教的幌子挂羊头卖狗肉，并且又与中国本土一些宗教相互融合，比如白莲教。基本上那时候的明教已经跟最初的明教大相径庭了，完全被本土化。
在元末明初的时候明教与白莲教融合的一塌糊涂，两个完全是傻傻分不清、混为一谈的。比如小明王韩林儿的老爹韩山童就是靠白莲教组织民众起义的，但你也可以说他是靠明教起义的，因为根本就明教、白莲教不分嘛。
相比于明教在中国的发展情况，而明教在其诞生地波斯的发展更为不顺。同样的，波斯的国王也不喜欢明教(摩尼教)这种具有反抗性质的组织，宣布摩尼教为异教，对摩尼教信徒进行迫害。后来波斯被阿拉伯帝国给灭了，阿拉伯帝国全面推行伊斯兰教，这样摩尼教更是毫无生存空间了。而中亚其他一些地方的摩尼教在穆斯林和蒙古帝国的夹击下也开始走向灭亡。这样看来，反倒明教在中国的发展还算勉强不错的。
至于朱元璋有没有加入明教呢?金庸的《倚天屠龙记》当然说他是明教弟子，而历史事实如何却有点说不清了。但我想朱元璋应该是加入了明教的，毕竟他跟韩林儿有扯不清的关系。就算老朱没有加入明教，至少是接触过明教的，而且在前期还挺熟的。像朱元璋们这种搞农民起义的前期大多都要打一个宗教团体的幌子，什么白莲教、明教的。你跟普通民众讲道理他一般听不懂，但你说你是上天派来的，准管用了。元末明初那些农民运动领袖好多就靠这一手。太平天国洪秀全也是靠这一手。
有人认为明朝就是取自于明教的，这完全不可能，朱元璋还没达到对明教那么虔诚的地步。而且老朱后来做的事也可以证明他不仅不喜欢明教，反而是极其反感的。朱元璋当了皇帝后便下诏全面禁止明教、白莲教的，《明律》中明令禁止这种“歪门邪道”的组织。
朱元璋对明教这种极具煽动性的组织是最有发言权的，他们就是靠这起家的，所以在他坐天下后深知这种组织的危害性，不利于统治。于是被全面禁止也是预料之中的事情了。
