抗战后受到冷落
抗战争爆发后，任第三、第六战区司令长官、第三战区督导长官、国防最高委员会委员、军政部部长、军政部陆海空军抚恤委员会委员长等职。不久受蒋排挤离职，仍奔走于鄂、豫、湘、黔、川等省，积极从事抗日救国活动。
1938年3月29日至4月1日召开的国民党五大临时全国代表大会当选中执常委，1939年11月国民党五届六中全会当选中执常委，1945年5月国民党六届一中全会中当选中执常委。
1946年9月以“特派考察水利专使”名义赴美,同时被强令退役。从1947年起，在美公开抨击国共内战和国民政府的独裁，积极支持国内人民的民主运动，并以20年亲身经历，撰写《我所认识的蒋介石》一书，对蒋的专制独裁统治作了大量批判。
1948年1月，中国国民党革命委员会在香港成立，当选为常务委员和政治委员会主席，随即发起组织民革驻美总分会筹备会。
他发表了《对被开除党籍的声明》，正式宣布“同国民党内民主派的同志们一起，为推翻蒋介石的独裁制度，在中国实现和平与民主而奋斗”。为了防范国民党特务暗害，冯玉祥还预立遗嘱，表示“要敢说，要敢作，要为人民受难，要为人民死”。
1948年7月31日，应中共中央邀请参加中国人民政治协商会议筹备工作，在苏联驻美大使潘友新的帮助下，自美国回国乘“胜利”轮途经黑海在向敖德萨港(今属乌克兰)。
1948年9月1日行进途中因轮船失火与女儿冯晓达一起遇难，享年66岁。
装殓冯玉祥尸体的灵柩后空运到莫斯科，按照元帅遗孀的愿意，尸体已被火化。死者的几名家眷、苏军和社会代表参加了葬礼，死者享受到了阵亡军人的待遇。
冯玉祥的骨灰盒于1948年11月回到祖国。
