被清廷捕获杀害
持这种说法的人认为在李自成战败后，太子趁机逃脱，被吴三桂部下捕获，后来太子又逃到外舅周奎家，周奎担心私藏太子会惹来祸端，就将太子献给了清摄政王多尔衮，经过一番辨认，最终被害。
被吴三桂杀害
李自成攻下北京城后，太子慈娘与定王慈炯、永王慈招一起被起义军所掳获。后来，李自成不敌战败，就与吴三桂议和，吴三桂提出用归还太子与二王并离开北京城为条件，换取停战。李自成同意了，就将太子等人交给了吴三桂。这样说来，太子就落人了吴三桂的手中。
跟随李自成败退，不知所终
崇祯儿子三人等在北京陷落后，均未逃脱，一并为李自成军俘获。在对他们的处理上，李自成采纳李岩等人的建议，封明太子为宋王，永王和定王也改封他爵。后来，吴三桂在山海关反叛，李自成率军亲征时，身边还带着明太子及兄弟，其用意自然是以此来堵住吴三桂效忠明廷之借口，并招降吴三桂。但此举并没有收到效果。李自成农民军与吴三桂交战受挫，决定离京西撤时，将他们三兄弟一起带走。从此太子便杳无音信，不知死活。
跟随李自成败退，后逃出做了和尚
有人认为在李自成军队败退北京的路上，刘宗敏受了重伤，放松了对他的看管，他就找了个机会和他以前的老师李士淳从闯王的军中逃了出来，后来到了李士淳的老家广东嘉应州阴那山出家当了和尚。他们在人迹罕至的深山里建了一座寺庙叫做“圣寿寺”，大殿就取名叫“紫极殿”，处处都显示了寺中和尚的神秘出身。据说太子死后，庙里就开始供奉一尊“太子菩萨”的神位。这尊神位始终保留着，直到辛亥革命后，清王朝覆灭了，人们才知道原来供奉的这尊塑像就是明朝的逃亡太子。李士淳的后人也声称他们的先祖确实在乱军之中救了太子，并把太子带回自己的家乡，两人还一同出家做了和尚。
种种说法，不一而足，清康熙时期有人借崇祯太子之名举行反清起义，牵连并死了很多人，结果也被证实是假的。崇祯的三个儿子到底下落何处，到今天仍是解不开的谜团。
