20世纪80年代以来，随着和县猿人遗址、银山智人遗址和凌家滩遗址相继发现，巢湖流域被公认为是古人类最早的发源地之一，打破了长期以来长江和巢湖流域被认为不可能是人类发源地的历史论断。距今约30万年的和县猿人、约20万年的银山智人和5500年前凌家滩遗址，印记了人类祖先从猿人到智人，再到现代人的进化历史，展示了从旧石器到新石器时期人类创造的古代文明，包括有巢氏所开拓的原始时代由穴居进入巢居的文明时代。
有项峻《始学编》说：“上古皆穴处，有圣人出，教之巢居，今南方巢居，北方穴处，古之遗迹也。”(《太平御览》卷~七十八引)认为巢居开始于南方。《林邑记》也说：“苍梧已南，有文郎野人，居无屋宅，依树上住宿，食生肉，采香以为业，与人交易，若上皇之人。”(《太平御览》卷一七二引)周去非说；“深广之民，结栅以居，上设茅屋，下豢牛豕。……
其所以然者，盖地多虎狼，不如是，人畜皆不得安，乃上古巢居之意欤！”(《岭外代答》卷四)这都说明巢居可能起源于南方。
传说，有巢氏出生在九嶷山以南的苍梧，曾经游历仙山，得到仙人指点而有了超人的智慧。因受鸟类在树上筑巢的启发，最先发明了“巢居”。有巢氏指导人们用树枝和藤条在高大的树干上建造房屋，房屋的四壁和屋顶都用树枝遮挡得严严实实，既挡风避雨，又可防禽兽的攻击，人们从此不再过那种担惊受怕的日子。过去,有学者认为有巢氏出生地是苍梧（今湖南九嶷山以南），立都石楼山（今山西吕梁东北）。也有认为有巢氏的生籍在山东，或在山西、内蒙古等地。汉代纬书《遁甲开山图》说：“石楼山在琅玡，昔有巢氏治此山南”（《艺文类聚》卷十一引）。至于有巢氏治都于此，并无实据为凭。
有巢氏“王天下”时期，关注人生，胸怀民众，为民谋生，为民造福，功高德隆。“巢皇”有“传二世”说（《春秋纬命历序》其八《因提纪》），也有“百余代”说（《通志·三皇纪第一》）。《逸周书·史记解》：“昔者有巢氏，有乱臣而贵任之，以国假之，以权擅国而主断，君已而夺之。臣怒而生变，有巢以亡。”是说有巢氏的统治，因乱臣而结束。
古史的年代越久，给后人留下的谜团也就越多，有巢氏便是如此：他率领子民在哪里筑巢为室？这是一个怎样的国度？在流传至今的史籍的缝隙中，后人只能捕捉一点关于他的流光碎影。《遁甲开山图》记载有巢氏王天下百余代。
传说，有巢氏排除了兄弟姐妹间的通婚关系，同一族团内部的同辈男女也禁止通婚了。男子只能选择其它族团的女子为“妻”，女子只能选择其它族团的男子为“夫”。就是说甲族团的一群男子（或女子）可以和乙族团的一群女子（或男子）互为夫妻，这便是族外群婚。这种族外群婚相对于血缘群婚，显然已经有了很大的进步。
