实验使卢瑟福感到惊叹，他开始了连续不停的实验和思考，像着了魔一样整日整夜地呆在实验室里。管理实验大楼的工友搞不清他是否离开过，他的妻子儿女也难得见他一面。一天清晨，卢瑟福兴冲冲地冲进了办公室，对着正在整理东西的助手，大声地说道：
“我知道了，我知道了。原子到底是什么样子我知道了。”略一停顿，他又说：“它大致可以设想为一个小的太阳系。”助手怔怔地看着他，耸了耸肩说：
“什么？您是说我们在一个看不见的世界里当了普罗米修斯吗？——普罗米修斯是希腊神话中为人类送来火种的神。“是的，就像是太阳系。”卢瑟福继续解释到，“原子既不是像小实心球，也不像西瓜，它的中心有个小的、带阳电的核，而带阴电的电子在围绕着这个核飞转。这就如同：原子核是太阳，电子就像行星，绕着太阳转……
“那么，a粒子被弹回来的现象怎么解释呢？”助手问他。“这是因为原子内部大部分是空隙，所以比原子更小的粒子能很容易穿过；又因为当中有个核，a粒子碰上这个坚硬的核就会被弹了回来。
卢瑟福终于打开了原子神秘之宫的大门！他的这一崭新的原子结构理论，具有划时代的意义。从此，原子学和原子核物理学便诞生并发展起来。
１９１９年，卢瑟福用人为的方法第一次分裂了原子，他用a粒子轰击氮原子，使它变成了一个氧原子和一个氢原子。１９２６年，在他的指导下，两个年轻研究人员瓦耳顺和科克拉夫特设计出了一架巨型原子捣碎机，用这架仪器，他们把轻金属锂转变为氦。
一时间，报纸新闻把这一消息迅速传遍了全球。
一些人们惊慌地说：“原子分裂了，世界是否已经到了末日？”“人工可以制造黄金了，货币就要贬值！”
但是，科学家们清醒地预感到：世界迎来了一个新的时代——原子时代。
１９３３年，６２岁的卢瑟福仍在不知疲倦地进行着研究工作。就在这一年，他又发现和命名了质子——氢原子核，并预言核内存在着中子。
由于他卓越的成就和影响，多种荣誉和奖赏不断向他涌来。英国皇家学会授予他最高奖章——科柏莱奖章。几十所大学和科学团体争相授予他荣誉学位和学籍。在巨大的荣誉面前，卢瑟福仍然保持着谦虚的态度，从不夸耀自己的成绩。１９３７年１０月，卢瑟福由于长期紧张地工作，积劳成疾，在英国剑桥医院与世长辞。
为纪念这位杰出的科学家，英国皇家学会在一所实验室门前，为他雕塑了一座半身铜像。每年都有很多人来到他的墓碑前，向这位揭开原子秘密的先驱者表示深深的怀念与敬意。
