１９４０年７月，巴顿回到装甲兵，任第２装甲师的旅长，不久便升任少将师长。１９４２年初，升任第１装甲军军长。由于他熟读兵书，精通战史，对富勒、利德尔·哈特、古德里安等提出的新作战理论也比较了解，所以对装甲兵在作战中的运用有独特见解。随着战争的发展，巴顿预见到美国军队有被派往北非和中东作战的可能，便在美国南部开办了一个沙漠战地训练中心，对其人员进行严格的训练。当年７月，在决定执行“火炬”作战时，巴顿被任命为战役集群司令，率部在卡萨布兰卡地域登陆，占领了法属摩洛哥，并任驻摩洛哥总督。
１９４３年２月，美国第二军在突尼斯被隆美尔打得落花流水。艾森豪威尔调巴顿从摩洛哥来接任第２军军长，并授予恢复美军士气的重任。巴顿到任后，首先下令整顿军风纪，规定每个军人必须随时戴钢盔、扎绑腿，连护士也不例外。在他的指挥下，该军在以后的作战中战绩卓著，与英军配合歼灭德意军队２５万人。巴顿被士兵称为“顶呱呱的鼓气人”。不久，他晋升中将，７月调任美国第７集团军司令，配合蒙哥马利的第８集团军在意大利西西里岛登陆，攻占了巴勒莫等地。巴顿作风粗暴，曾因殴打士兵引起美国军内和国内舆论的反对，在马歇尔、艾森豪威尔等人的保护下才幸免撤职。但是他并非不关心士兵，只是痛恨逃兵和懦夫。他认为受到精心照料的士兵会成为最好的战士。他常说年轻军官知道如何照顾自己的士兵“比知道军事战术更为重要”。他告诉手下的指挥官不要节省子弹，因为“浪费弹药要比浪费生命好得多。造就一个士兵至少要十八年，而制造弹药只需要几个月时间”。
１９４４年１月，巴顿前往英国任第３集团军司令，在这之前，因为殴打士兵的事件，许多人反对把一个集团军交给巴顿，但艾森豪威尔还是选择了巴顿。他深知巴顿的战术天才对这场战争的重要意义。诺曼底登陆战役开始后，布莱德雷的部队于６月６日登陆并确保了滩头阵地。巴顿的部队于７月集结在柯腾丁半岛上。７月２５日开始发动“眼镜蛇”作战。这个突破性的作战计划，很适合巴顿的军事天才。这个突破计划正是受到巴顿１９４４年设计的一系列大胆计划的影响而作出的。
巴顿的任务本身是向西攻占布列塔尼地区，但是，他的进攻精神和运动战速度终于把局部的突破变成了全面运动战，迫使德军全面撤退。到８月４日，巴顿指挥的部队已经向鲁昂进击，占领了雷恩，抵达富热尔，并象秋风扫落叶一样向瓦恩挺进。巴顿拼命进攻，８月１３日攻到阿金坦一线，三天之后向东进至塞纳河，堵住了残余德军的退路。随后盟军再次发动进攻，巴顿直插巴黎与奥尔良之间的缺口。他一路不停，８月底到达缪斯河。至９月间，在补给和燃料十分困难的情况下，渡过莫斯里河并攻占南锡。１０月停止进攻一个月，１１月８日，再度进攻，不久即进至齐格菲防线。１２月２２日，他带领三个军向巴斯托尼进攻，与被困的美军伞兵师会合。接着，又经过一个月的进攻，抢先渡过莱茵河，长驱直人德境。此后，德军全面崩溃，不久，美军便与苏军会师。
由于巴顿在北非、地中海和欧洲战场屡建战功，威震敌胆，此时他已经是四星上将了。他曾说：“赢得战争靠两样东西，那就是胆量与鲜血。”因而又被誉为“血胆将军”。欧洲战争结束后，他因反对肃清纳粹余孽而引起轩然大波，被免去第３集团军司令的职务，到有名无实的１５集团军当司令官。在这里开始了他的战史写作任务。１９４５年１２月９日，在他预定退休返回美国的前夕，突然在一次车祸中负伤，经医治无效，于１２月２２日去世。
