然而对于伽利略本人来说，虽然部分地摆脱了肉体的痛苦，但更难忍受的是精神重压。一个把追求真理当做自己终身信条的伟大学者，在谬误面前做出妥协、让步，这种精神方面的痛苦、内疚更胜于肉体的痛苦。因为他知道，作为支持哥白尼学说的一面旗帜，他的倒下，影响的不仅仅是自己的信仰和研究工作，也势必会影响到公众对“日心说”的看法，影响到“日心说”的继续传播和发展，从而影响人类对于整个宇宙的研究和探索。在伽利略看来，这是对真理的亵渎，是对科学的犯罪，是不可容忍的。这种沉重的负罪心情一直折磨着他，使他寝食不安，原来就十分憔悴的身体，变得愈来愈虚弱。
尽管伽利略违心地做了妥协，尽管他从此不得不放弃天文学研究做了宗教裁判所的囚犯，但他的科学研究活动却一刻未曾间断，只是把研究方向转向了力学。然而，女儿的逝世和自己双目失明的不幸又接踵而至。可是，就在这样困难的情况下，伽利略仍坚持完成了《关于两种新科学对话集》这本物理着作的写作，大胆地叙述了物体的各种问题。直到去世前夕，伽利略躺在病床上仍在进行机械设计和指导学生进行摆的研究工作，并把用摆来调整时钟运行的想法，口述给了他的学生析利，并经析利整理后作为《对话》的附篇发表了。
强权改变不了真理，真理终究会战胜谬误。随着时间的推移，历史为伽利略作出了公正的判决。
警世箴言
生命有如铁砧，愈被敲打，愈能发出火花。
真理就是具备这样的力量，你越是想要攻击它，你的攻击就愈加充实了和证明了它。
