1942年5月，日军占领了缅甸。1943年8月，日本政府宣布承认缅甸“独立”，并在仰光设立日本驻缅甸大使馆。在菲律宾，发生了被称作“巴丹死亡行军”的虐待英美战俘的恶举；在新加坡、马来西亚等地疯狂“大检举”、“大逮捕”，屠杀无辜平民的暴行；特别是从1942年11月到1943年10月间，占领军为了修筑泰缅铁路，强迫数十万英美军战俘和劳工在极端恶劣的环境下服苦役，先后有一两万名战俘和25万名劳工悲惨死去。这些都是木村担任陆军省次长期间日本军队在各地犯下的罪行，木村不能辞其咎。
日本早是1907年《海牙陆战公约》和1929年《日内瓦战俘公约》的签署国。木村却公然违背《日内瓦战俘公约》的明文规定，不给予俘虏应有的合乎人道的待遇和保证。木村为扫除日本军人的崇拜英美思想，提高日本法西斯官兵的大和民族优越感，以陆军省次官名义命令日本军队，把在马来西亚战役中俘虏的1000余名美英战俘押解到朝鲜，动员5万日本人、12万朝鲜人上街围观，让英美俘虏当街示众，命日本人不停地向示众队伍扔石子，大肆羞辱。
自1944年10月开始，木村兵太郎指挥驻缅日军发动断作战，大举向中国远征军发起反攻，妄想阻拦驻印军和远征军的会师计划，隔断中国的对外交通，然而，这次他却再也没有前番的那般运气了，在中国远征军的猛烈打击下，木村率领的侵缅日军损兵折将，光战死的就有1万余人。（日本战史记载，对印缅远征军作战死伤5000余人，对云南远征军作战，至45年2月20日为止，死8390人，伤4810人，病5000人，数据来源于《日本陆军大本营--侵华资料长编》中册，313页）他在大本营那里弄得灰头土脸，颜面全无。恼羞成怒的木村兵太郎于是便把满腹的怨气撒在俘虏和平民身上，对他们实施凶残的虐待与杀戮，并一手制造了仰光大屠杀血案，并因此得到了“缅甸屠夫”的恶名。在战后接受审判时，木村兵太郎被揭发，在缅甸战争挫败后向部下下达了屠杀的命令，对部下樱井省三说日军损失多少士兵就两倍于这个数字的去屠杀缅甸百姓，当时，日军损兵6千3百多，照这样计算，被屠杀的缅甸人民和战俘就至少达1万6千多名。被杀的战俘中有中国的士兵，也有英美军队的士兵。
结果：日本战败后，他在仰光举行的盟军受降仪式上放下了屠刀，立即作为甲级战犯押送回日本。日本人称他：“为了关心自己的身体而疏怠必要的指挥，抛弃日本的盟友和在缅甸的日本人，不配做一个军人。”
1948年12月23日，这个杀人不眨眼的屠夫，被日本远东国际军事法庭判处绞刑。作为七名绞刑犯中的最后一名，在绞刑架上气绝身亡。
