民间反抗：
为了防止沿海人民入海通商，明朝法律规定了严酷的处罚办法:“若奸豪势要及军民人等，擅造三桅以上违式大船，将带违禁货物下海，前往番国买卖，潜通海贼，同谋结聚，及为向导劫掠良民者，正犯比照己行律处斩，仍枭首示众，全家发边卫充军。其打造前项海船，卖与夷人图利者，比照将应禁军器下海者，因而走泄军情律，为首者处斩，为从者发边充军”。明政府对参与买卖外国商品的居民也不放过，“敢有私下诸番互市者，必置之重法，凡番香、番货皆不许贩鬻，其现有者限以三月销尽。”
在这一错误政策的指引下，明政府于洪武十九年（1386）废昌国县，二十年将舟山岛城区和镇外鼓吹两里以外的居民和其他46山（岛）的居民徙迁内陆。本来，明太祖期望海禁政策对海防的巩固能起到决定性作用。然而，由于海禁政策所实施的直接对象是臣民而不是海上反明势力，他不仅不能成为海防的有效手段，甚至在沿海地区激化了一些矛盾。沿海地区人民依海而生，靠海而活，或从事渔业生产，或从事海上贸易。明太祖“严交通外藩之禁”，堵绝了沿海地区人民的正常谋生之路。如“信国公汤和巡视浙江、福建沿海城池，禁民入海捕鱼”。他们除起来进行斗争之外，已经没有其他选择。诚如顾炎武所指出:“海滨民众，生理无路，兼以饥馑荐臻，穷民往往入海从盗，啸集亡命”。“海禁一严，无所得食，则转掠海滨”。此外，滨海地区的居民还采取了另外一种斗争的手段，逃亡、潜往海外。“国初......两广、漳州等郡不逞之徒，逃海为生者万计”。所以，海禁一开始就得不到切实的贯彻，反复发布的海禁令，也说明了这一点。还有一些人干脆参加了民间的对外贸易活动。“缘（沿）海之人，往往私下诸番贸易香货，因诱蛮夷为盗”“东南诸岛夷多我逃人佐寇”。
嘉靖二年五月，日本藩侯的两个朝贡使团在宁波为入贡资格问题爆发了“争贡之役”，使很多无辜的中国军民被杀或被掳，“浙中大震倭自是有轻中国心矣”。
此后，明朝统治者认为“倭患起于市舶，遂罢之”，并对日本“闭绝贡路”，实行更加严厉的海禁政策。
