10月10日，以孙中山为会长的革命委员会成立，作为处理有关事变的权力机构。当孙中山得悉“商人不肯就政府所定条例领枪，且供给陈逆以百五十万，约定罢市、反攻同时并举”等消息后，即电胡汉民、杨希闵、刘震寰、古应芬、李福林，指出商团已“叛道显露，万难再事姑息”，叫他们“当机立断”，“万勿犹豫，以招自杀”。同一天，孙中山又给胡汉民等去电，叫他们令西关居民限三日内迁山西关，免遭意外。11日，孙中山明令聘任鲍罗廷为革命委会员顾问，并给以高度信任，聘任状声明“如遇本会长缺席时，（鲍罗廷顾问）得有表决权”。同日，孙中山又令革命委员会“用本会长名义便宜行事用种种方法打消商团罢市，并立即设法收回关余。”
12日，孙中山在接到广州发生“双十惨案”及商团准备叛乱的消息后，以万万火急电胡汉民着他“将政府全权付托于革命委员会，以对付此非常之变”⑦，同时致电蒋介石，命令他同许崇智一起，组织可靠的部队“必尽灭省中之奸兵奸商，以维持革命之地盘”⑧。13日，孙中山在批复香山县（今中山市）县长林警魂的电报中指示“如有煽动罢市之人，即行枪决；罢市之店即行充公。切勿姑息为要”。革命委员会根据孙中山指示，令胡汉民解散商团机关，收缴商团军武器。14日，胡汉民下达解散商团的命令。孙中山亦在同一天命令警卫军及部分湘粤军连夜回师广州，加强镇压商团叛乱的力量。
当日晚，商团发动武装叛乱，控制城内制高点，“凡是近政府各机关的高当铺”都布满了商团军，“居高临下，开枪打政府，一夜打到天明”。15日凌晨，革命委员会下达总攻击令，警卫军、黄埔学生军、工团军、农民自卫军，以及粤、湘、桂、赣军均奉命投入战斗。滇军范石生、廖行超部迫于形势也不得不向商团开火。15日上午西关商团大本营在革命政府军队五路围攻之下，迅速崩溃，商团军土崩瓦解，大部分缴械投降，少数四散逃命。其他各地商团不堪一击，立即就歼，只有清远商团负隅顽抗，两次进攻县城，亦被平定。
商团叛乱事件，是革命人民同帝国主义、军阀、买办商人和国民党右派之间的一场生死搏斗，是广东革命政府铲除心腹之患的革命与反革命之战。商团叛乱的平定，保卫了广州革命根据地，巩固了革命统一战线，沉重地打击了英帝国主义及其走狗军阀、买办和地主豪绅，锻炼和提高了工农群众和革命军队的战斗力，为以后国民革命军的两次东征，平定刘杨，消灭南路军阀邓本殷，统一广东革命根据地创造了条件，从而为北伐铺平了道路。
