三、孙中山出师北伐
“扣械事件”刚告“和解”，9月3日江浙战争爆发，皖系的浙江军阀卢永祥和直系的江苏军阀齐燮元互相火拼。4日，孙中山召开军事会议，商讨出师北伐，履行过去与奉、皖的反直同盟协约。会议决定以湘、赣、豫军全部和粤军、滇军一部分组成北伐军出师北伐，并将大元帅府大本营迁往韶关，在广州设留守府。孙中山督师北伐期间，以胡汉民留守广州，代行大元帅职权，兼任广东省长。以廖仲恺为军需总监兼财政部长，谭延闿为北伐军总司令，李烈钧为前敌总指挥。部署既定，9月5日孙中山发布了《讨伐曹锟吴佩孚令》和《告广东民众文》，对全国人民特别是广东人民说明北伐的必要及其重大意义。孙中山认为：“浙江、上海，实为广东之藩篱。假使曹、吴得逞志于浙江、上海，则广东将有噬脐之祸。故救浙江、上海，亦即以存粤”。但目前窃据北京中央政权的正是曹锟、吴佩孚一伙，“苟能锄去曹、吴，则乱源自息”，因此，“扫除军阀，实现民治，在此一举”。为了稳定广州局势，使北伐无后顾之忧，孙中山又于9月10日发布《告广东民众书》，宣布革命政府“不恤改弦更张，以求与人民合作”，并提出三条具体措施：“（一）在最短时期内悉调各军实行北伐。（二）以广东付之广东人民，实行自治，广州市政厅克日改组，市长付之民选，以为全省民治之先导。（三）现在一切苛捐杂税悉数蠲除，由民选官吏另订税则。”孙中山希望通过上述三项措施，调整政府与广州市民特别是商民的关系，从而达到与商团真正妥协的目的。
9月13日，孙中山偕同谭延闿、李烈钧等前往韶关督师北伐。17日第二次直奉战争爆发。18日孙中山以中国国民党名义发表《北伐宣言》，表示“与天下共讨曹锟、吴佩孚诸贼”，并郑重指出：“此战之目的，不在复灭曹吴，尤在曹吴复灭之后永无同样继起之人，以持续反对革命之恶势；换言之，此战之目的不仅在推倒军阀，尤在推倒军阀所赖以生存之帝国主义”。28日，北伐部队分两路向湘、赣出师，10月6日，孙中山将北伐各军命名为建国军，任命谭延闿为建国军北伐总司令。云南的唐继尧表示响应，组织建国联军参加北伐，孙中山任命唐为副元帅。
孙中山对北代表示了极大的决心，甚至“宁弃广州为破釜沉舟之北伐”，其中亦有隐衷。这在他给蒋介石的信中有所反映。9月9日，孙中山给蒋的复信对当前广东局势作了如下分析：“惟广东一地，在陷于可致吾人于死之因有三：其一，即英国之压迫。此次罢市风潮，倘再多延一日，必有冲突之事发生，而英舰所注意者，必大本营、‘永丰’、黄埔三处，数十分钟便可粉碎，吾人对彼绝无抵抗之力。此次虽幸免，而此后随时可以再行发生，此不得不避死就生一也。其二，即东江敌人之反攻，现在已跃跃欲动。如再有石牌之事发生，则鹿死谁手，殊难逆料。其三，则客军贪横，造出种种罪孽，亦必死之因。有此三死因，则此地不能一刻再居，所以宜速舍去一切，另谋生路。现在之生路，即以北代为最善。”从信中可以看出，孙中山这次北伐的根本目的，与其说是为消灭曹吴，毋宁说是为摆脱他在广州的被动局面、夺回主动权的策略性措施。
中国共产党对孙中山这个决定采取批评和劝阻的态度。蔡和森撰文指出这次北伐没有任何积极意义，“第一，这种政策只能助日本帝国主义及反直军阀张目呐喊，完全隐没了自己独立的革命政治号召。第二，这种政策完全不能影响或动摇军阀制度和国际帝国主义侵略之政局。第三，从新成就西南军事局面，不过又从新成就唐继尧、陈炯明、沈鸿英、唐绍仪等军阀政客将来与任何一派战胜军阀做买卖的基础”。邓中夏也著文指出：“北伐与国民革命的正确意义丝毫没有关系”。中国共产党人认为真正的出路是以严厉的态度处理商团事件，先求得广东革命根据地的稳固，才能考虑北伐。当商团违抗命令，擅自成立联防总部之后，中国共产党人通过《向导》周报撰文向政府提出警告，指出：“我们敢说革命政府真正心腹之患，不在东江而在广州！”“我们以为革命政府军事计划：第一步是解散商团军，第二步是讨伐陈炯明，第三步才说得上北伐。革命政府若不能解散商团军，一旦东江或北江军事失利，第二次以枪弹‘请孙下野’的便是商团军”。
尽管共产党人未能立即说服孙中山放弃与商团谋求妥协的愿望，但事实上孙中山也很重视中国共产党人的意见，虽然远在韶关，他仍然时时密切注视着广州的局势。
