明朝政府在澳门设有提调、备倭、巡缉等官员，这些官员统称“守澳官”。澳门的主要行政司法等职能，则由香山县知县主管。他对居澳中外居民具有非常广泛的管辖权。雍正八年（1730年），两广总督郝玉麟等奏请设香山县丞一员，作为分防澳门县丞。乾隆九年（1744年），清朝廷将肇庆府同知改设为广州海防军民同知，通称澳门同知，移驻前山寨。至此，以澳门同知为最高实际负责官员，与香山知县及县丞互相协调，共同管理澳门事务，构成鸦片战争前清朝廷管治澳门的体制。
在关税征收方面，康熙年间，清朝廷在澳门设立粤海关监督行台，作为粤海关监督巡视澳门驻扎之所。其后澳门作为海关属下的七处总口之一，下辖关闸、大码头、南湾和娘妈阁四小口，居于与省城大关总口同等重要的地位。
明清两代政府根据澳门各个时期的不同情况，制订了多个具有法规性质的章程和条例，责成租居澳门的葡萄牙人遵守。在行使司法审判权方面，中外居民之间的纠纷，乃至刑事方面的案件，亦由中国官吏依照中国法律审理裁决，并饬令澳葡当局遵照执行。
除依据法规对居澳葡人实行日常管理外，为防止澳门葡人哗变，明清朝廷还采取了严密的防范措施。万历二年（公元1574年），明朝政府在扼守澳门与香山县咽喉的地方莲花茎建立关闸。关闸为中国传统的古城楼建筑，中间有一道大门，有中国官兵把守，规定时间开放，以便利彼此间交易。
数百年间明清多位封疆大吏巡阅澳门，传达了中央政府对在澳葡人的政策，并处理重大问题，显示了中国政府对澳门主权的拥有。1839年9月3日，钦差大臣林则徐与两广总督邓廷桢巡阅澳门，可以说是明清官员巡阅澳门的高潮。
对澳门的葡萄牙居留地，明清朝廷在行使中国的管治权的同时，默许葡人有一定的自治权利。居澳葡人在遵守中国法律、接受中国官吏管治的前提下，按照古希腊城邦、西欧中世纪自治城市以及葡属海外领地自治的传统，设立具有行政、司法、财政等职能的自治机构议事会，在其管辖的范围内管理葡人的内部事务，实行葡式的政治法律制度，并由葡萄牙政府和葡属印度政府核准这种自治权利。
