当战争结束时，邓尼兹以战俘的身份被同盟国所拘留，他在纽伦堡审判中被指控为战犯，主要在三个方面：
反和平密谋罪
侵略计划、实行罪
战争罪
审判过程中，邓尼兹的辩护者证明他并未参与战争的发动计划，因此第一项罪名起诉后被判无罪。但因为另外两项皆为成立，且被指控于1939年的下达战争令第154号，发动无限制潜艇战（后来没有正式列入他的判决中），邓尼兹最后被判处十年监禁。在审讯期间，美国军事心理学家古斯塔夫·吉尔伯特（Gustave Gilbert），被允许研究在纽伦堡审判中犯有战争罪的纳粹领导人，在德国版的韦克斯勒成人智力量表测验中，邓尼兹有138分，为所有纳粹领导者中的第三高者。当他在西柏林的施潘道监狱（Spandau Prison）中服刑时，经常锻炼身体和持续读书，狱卒称他作“狮子”（Der Löwe），被视为一名危险人物。
1956年10月1日，邓尼茨被释放。出狱后，继续宣传纳粹精神及复仇主义。居住在德国北部。他在之后创作了2部作品，他的回忆录《10年和20天》（Zehn Jahre,Zwanzig Tage），该书于1958年在德国出版，隔年又有英文翻译版上市。“10年”指的是邓尼茨作为潜艇指挥官，“20天”则是他作为总统的日子；书中，邓尼茨将纳粹政权解释为是时代的产物，并且争辩说他不是一个政治家，因此不能在道义上负起纳粹政权的大部分罪行，他也批评专制制度是政府的根本缺陷，并指责专制制度是纳粹许多错误的根源。
邓尼茨的第二本书，《我风云变幻的一生》（Mein wechselvolles Leben），比较少人知道，内容叙述他1934年前的事，这本书是首次出版于1968年，在1998年出版新的版本，标题改作《我作为军人的一生》（Mein soldatisches Leben）。
与阿尔伯特·斯佩尔不同，邓尼茨完全不后悔在第二次世界大战做的一切，因为他认为“没有人会尊敬放弃对国家的信念与责任者，无论是大或小的背叛。”
邓尼茨在批评希姆莱的和平谈判时写道：
“通敌者应是备受鄙视的小人，任何国家的人、甚至是他的敌人都所不齿。每个国家都应该一致的谴责这种背叛行为，无论是用何种方式，它都是破坏国家的基础。”
1980年12月24日，邓尼茨因心脏病去世，享年89岁，是德国二战时期的27名元帅中最后一个去世的。
