2003年，伊拉克萨达姆政权被美国推翻，半年后，萨达姆被美军掳获。
2004年6月30日，美军向伊拉克临时政府移交了萨达姆·侯赛因和前政权的11名高官的司法羁押权（包括司法管辖权），但仍由美军负责看守，并宣布，萨达姆·侯赛因不再是战俘的身份，同一天伊拉克临时政府司法部门正式宣布逮捕萨达姆·侯赛因。7月1日，伊临时政府特别法庭（the Iraqi Special Tribunal，伊拉克管理委员会根据《伊拉克特别法庭规约》而成立的一个司法机构，其合法性已由生效的伊拉克临时宪法进行确认）上进行了萨达姆的第一次聆讯（听证），法官对其宣读了控告书，萨达姆·侯赛因拒绝承认有罪并拒绝在法庭文件上签字。萨达姆·侯赛因的辩护律师并未出席第一次聆讯，萨达姆·侯赛因的第一任妻子随后雇用了一个国际律师团为萨达姆辩护。随后法庭的现场录像向公众公布，这是萨达姆·侯赛因自被捕以来，第一次出现在公众面前。
伊拉克特别法庭指控萨达姆的罪行包括：
一、1982年，萨达姆下令处决140多名杜贾尔村人，拷打并监禁一千余人，以报复其对自己刺杀未遂的行动。
二、1987-1988年，萨达姆下令实施安法尔(Anfal，意为战利品)行动，在伊拉克北部对库尔德人进行种族灭绝计划，有证人披露，仅1987至1988年间，就有50万库尔德人或被迫害至死，或被当场处决。。
三、1988年，使用化学武器袭击库尔德人城镇哈莱卜杰，造成大约5000名库尔德人死亡，1万人受伤。
四、1990年，入侵科威特，并且占领科威特7个月。
五、1991年，在伊拉克南部镇压什叶派穆斯林起义。
六、从1991年起推行所谓“阿拉伯化计划”，强行驱逐库尔德人，没收他们的土地，剥夺他们的食品，将数千名库尔德人从伊拉克北部驱逐到伊朗。
七、萨达姆在1983年，下令杀害库尔德民主党领导人巴尔扎尼所在部族8000人。
八、萨达姆在1991年镇压什叶派起义后，下令在伊南部湿地修堤筑坝，破坏伊拉克南部湿地。
九、萨达姆被控炮轰伊拉克东北部城市、石油重镇基尔库克。
十、萨达姆在1974年处决5名什叶派宗教人物。
十一、下令暗杀反政府政治活动人士。
十二、迫害宗教团体。
十三、迫害非宗教团体。
十四、迫害和镇压政治团体。
